Functional Annotation of Glycan Motifs using Common-Fund Data Resources

使用共同基金数据资源对聚糖基序进行功能注释

基本信息

  • 批准号:
    10576685
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 31.2万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2022
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2022-09-20 至 2024-09-19
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

Abstract Glycans play an important role in cell-cell interaction, cell-signaling, and immune response, with specific glycan structural motifs responsible for driving glycans’ cell- and protein- binding activity and thus their functional role. Despite glycans’ significant structural heterogeneity, these glycan motifs, or determinants, have been recognized as relevant in specific biological contexts and named by glycobiologists. In a similar way as protein domains, these recurring structural motifs confer specific binding and functional activity to glycan structures that contain them. Many collections and catalogs of these glycan motifs have been developed but they are primarily lists – little to no functional understanding is captured by these resources to provide biological context for understanding a motifs’ role in the cell. The GlycoMotif data- resource, developed in the Edwards lab in support of the GlyGen Glycan Knowledgebase, a Common- Fund sponsored data-resource, is one such catalog of glycan motifs, with the capability to annotate each motif with names, keywords, and publications. Despite the relative paucity of our understanding of glycan structure motifs’ functions, however, we do understand the glycosylation enzyme machinery responsible for assembling and attaching glycans to glycoproteins, and can enumerate, though the data-resources provided by GlyGen, the glycoenzymes necessary for attaching and assembling mature glycan structures on mouse and human proteins. We seek to explore the utility of functional annotation of GlycoMotif glycan motifs by the integration of gene-based phenotype, tissue-localization, and cell-type annotations of associated glycoenzymes from the International Mouse Phenotyping Consortium and GTEx Common- Fund data-resources with GlycoMotif, and thereby providing a platform for comprehensive functional annotation of glycan motifs, and ultimately, glycan structures in GlyGen.
摘要 聚糖在细胞-细胞相互作用、细胞信号传导和免疫应答中发挥重要作用,具有特异性的免疫应答。 负责驱动聚糖的细胞和蛋白质结合活性的聚糖结构基序, 功能作用。尽管聚糖具有显著的结构异质性,但这些聚糖基序或决定簇, 被认为与特定的生物学背景相关,并由糖生物学家命名。中 与蛋白质结构域类似,这些重复出现结构基序赋予特异性结合和功能 活性转移到含有它们的聚糖结构上。这些聚糖基序的许多集合和目录具有 但它们主要是列表-这些列表很少或根本没有功能性理解 这些资源为理解基序在细胞中的作用提供了生物学背景。GlycoMotif数据- 资源,在Edwards实验室开发,以支持GlyGen聚糖知识库,一个通用的- 基金赞助的数据资源,就是这样一个聚糖基序目录,具有注释每个 主题与名称,关键字和出版物。尽管我们对聚糖的了解相对较少 结构基序的功能,然而,我们确实了解负责糖基化酶机制 用于组装和连接聚糖糖蛋白,并可以枚举,虽然数据资源 由GlyGen提供,是连接和组装成熟聚糖结构所必需的糖酶 对小鼠和人类蛋白质的影响。我们试图探索GlycoMotif聚糖功能注释的实用性, 通过整合基于基因的表型、组织定位和细胞类型注释, 来自国际小鼠表型鉴定协会和GTEx常见- 基金数据资源与GlycoMotif,从而提供一个平台,全面的功能 GlyGen中聚糖基序的注释,以及最终的聚糖结构。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

NATHAN J EDWARDS其他文献

NATHAN J EDWARDS的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('NATHAN J EDWARDS', 18)}}的其他基金

LC-MS Analysis of Site Specific Protein Glycoforms
位点特异性蛋白质糖型的 LC-MS 分析
  • 批准号:
    9761502
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:
R01-Proteomic characterization of alternate splicing and cSNP protein isoforms
R01-可变剪接和 cSNP 蛋白质亚型的蛋白质组学表征
  • 批准号:
    7294345
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:
R01-Proteomic characterization of alternate splicing and cSNP protein isoforms
R01-可变剪接和 cSNP 蛋白质亚型的蛋白质组学表征
  • 批准号:
    7224695
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:
R01-Proteomic characterization of alternate splicing and cSNP protein isoforms
R01-可变剪接和 cSNP 蛋白质亚型的蛋白质组学表征
  • 批准号:
    7492316
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:

相似国自然基金

帽结合蛋白(cap binding protein)调控乙烯信号转导的分子机制
  • 批准号:
    32170319
  • 批准年份:
    2021
  • 资助金额:
    58.00 万元
  • 项目类别:
    面上项目
帽结合蛋白(cap binding protein)调控乙烯信号转导的分子机制
  • 批准号:
  • 批准年份:
    2021
  • 资助金额:
    58 万元
  • 项目类别:
ID1 (Inhibitor of DNA binding 1) 在口蹄疫病毒感染中作用机制的研究
  • 批准号:
    31672538
  • 批准年份:
    2016
  • 资助金额:
    62.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
番茄EIN3-binding F-box蛋白2超表达诱导单性结实和果实成熟异常的机制研究
  • 批准号:
    31372080
  • 批准年份:
    2013
  • 资助金额:
    80.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
P53 binding protein 1 调控乳腺癌进展转移及化疗敏感性的机制研究
  • 批准号:
    81172529
  • 批准年份:
    2011
  • 资助金额:
    58.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
DBP(Vitamin D Binding Protein)在多发性硬化中的作用和相关机制的蛋白质组学研究
  • 批准号:
    81070952
  • 批准年份:
    2010
  • 资助金额:
    35.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目
研究EB1(End-Binding protein 1)的癌基因特性及作用机制
  • 批准号:
    30672361
  • 批准年份:
    2006
  • 资助金额:
    24.0 万元
  • 项目类别:
    面上项目

相似海外基金

How lipid binding proteins shape the activity of nuclear hormone receptors
脂质结合蛋白如何影响核激素受体的活性
  • 批准号:
    DP240103141
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:
    Discovery Projects
Structural classification of NHEJ pathways; unravelling the role of Ku-binding proteins
NHEJ通路的结构分类;
  • 批准号:
    MR/X00029X/1
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:
    Research Grant
BRC-BIO: Evolutionary Patterns of Ice-Binding Proteins in North Pacific Intertidal Invertebrates
BRC-BIO:北太平洋潮间带无脊椎动物冰结合蛋白的进化模式
  • 批准号:
    2312378
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:
    Standard Grant
Exploring the roles and functions of sex steroid hormone receptor-associated RNA binding proteins in the development of geriatric diseases.
探索性类固醇激素受体相关 RNA 结合蛋白在老年疾病发展中的作用和功能。
  • 批准号:
    23K06408
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
UV Plasmon-Enhanced Chiroptical Spectroscopy of Membrane-Binding Proteins
膜结合蛋白的紫外等离子增强手性光谱
  • 批准号:
    10680969
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:
Investigating physiologic and pathophysiologic connections between the Parkinson's disease protein alpha-synuclein and RNA binding proteins
研究帕金森病蛋白 α-突触核蛋白和 RNA 结合蛋白之间的生理和病理生理联系
  • 批准号:
    10744556
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:
Structural and computational analysis of immune-related RNA-binding proteins
免疫相关 RNA 结合蛋白的结构和计算分析
  • 批准号:
    23K06597
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Characterization of carbohydrate-binding proteins and their applications
碳水化合物结合蛋白的表征及其应用
  • 批准号:
    23K05034
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
A machine learning approach to identify carbon dioxide-binding proteins for sustainability and health
一种机器学习方法来识别二氧化碳结合蛋白以实现可持续发展和健康
  • 批准号:
    2838427
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:
    Studentship
RNA-binding proteins in bacterial virulence and host-pathogen interactions
RNA结合蛋白在细菌毒力和宿主-病原体相互作用中的作用
  • 批准号:
    10659346
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 31.2万
  • 项目类别:
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了