Exploring the role of a novel autoimmune disease-associated lncRNA in Treg biology

探索一种新型自身免疫性疾病相关 lncRNA 在 Treg 生物学中的作用

基本信息

  • 批准号:
    10598708
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 24.53万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    美国
  • 项目类别:
  • 财政年份:
    2022
  • 资助国家:
    美国
  • 起止时间:
    2022-11-10 至 2024-10-31
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

PROJECT SUMMARY/ABSTRACT Long non-coding RNAs (lncRNAs) are now established as important regulators of diverse biological processes. Tens of thousands of non-coding transcripts have been detected by RNA sequencing, yet only a minute fraction of these have been functionally characterized. LncRNAs are of potential clinical significance, as they are increasingly considered as targets for the development of novel therapeutic approaches. We have established a systematic approach to specifically identify lncRNAs that are likely to be functional regulators of the immune system and that may be involved in inflammatory and autoimmune diseases. This discovery pipeline integrates information from genome-wide association studies (GWAS), evolutionary conservation between mice and humans, and differential expression patterns in immune cells. Using this approach, we have identified a previously unknown human lncRNA, which we have named lnc15. Lnc15 is present in mice and humans, and overlaps with a single-nucleotide polymorphism that has been linked to Crohn’s disease and ulcerative colitis, two severe intestinal auto-immune pathologies. Importantly, we have found that lnc15 is present at high levels in regulatory T cells (Tregs) but only at low levels in other T-cell subsets. We have generated lnc15 knockout mice and, intriguingly, have observed that these animals exhibit exacerbated disease progression in a model of intestinal inflammation. Additionally, Tregs isolated from lnc15-deficient mice are less effective at suppressing the proliferation of naive T cells, whereas overexpression of lnc15 enhances expression of IL-10, an important effector cytokine of Tregs. Based on these observations, we hypothesize that lnc15 is a novel regulator of Treg function. The experiments proposed here will explore this hypothesis by determining how lnc15 affects the Treg transcriptome and identifying its protein and chromatin interaction partners. To evaluate the physiological relevance of lnc15 in vivo, we further propose to utilize Treg-specific models of intestinal inflammation and determine the effect of lnc15 deficiency on T-cell development, differentiation and homeostasis.
项目总结/摘要 长链非编码RNA(lncRNA)是目前公认的多种生物过程的重要调控因子。 RNA测序已经检测到数万种非编码转录本,但只有一小部分 这些都是功能性的。lncRNA具有潜在的临床意义,因为它们是 越来越多地被认为是开发新治疗方法的靶点。我们建立 特异性鉴定可能是免疫功能调节因子的lncRNA的系统方法 系统,并可能参与炎症和自身免疫性疾病。此发现管道集成了 来自全基因组关联研究(GWAS)的信息,小鼠之间的进化保守, 人类和免疫细胞中的差异表达模式。使用这种方法,我们已经确定了一个 以前未知的人类lncRNA,我们将其命名为lnc 15。lnc 15存在于小鼠和人类中, 与克罗恩病和溃疡性结肠炎相关的单核苷酸多态性重叠, 两次严重的肠道自身免疫疾病重要的是,我们已经发现lnc 15以高水平存在, 在调节性T细胞(TcB)中,但在其他T细胞亚群中仅处于低水平。我们已经生成了lnc 15敲除 有趣的是,他们观察到这些动物在一种小鼠模型中表现出恶化的疾病进展。 肠道炎症此外,从lnc 15缺陷小鼠中分离的TcR在抑制Lnc 15的表达方面不太有效。 初始T细胞的增殖,而lnc 15的过表达增强了IL-10的表达,这是一个重要的 T细胞的效应细胞因子。基于这些观察,我们假设lnc 15是Treg的一种新的调节因子, 功能这里提出的实验将通过确定lnc 15如何影响Treg来探索这一假设。 转录组和鉴定其蛋白质和染色质相互作用伴侣。为了评估生理 lnc 15在体内的相关性,我们进一步提出利用肠炎症的Treg特异性模型, 确定lnc 15缺乏对T细胞发育、分化和稳态的影响。

项目成果

期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

Sankar Ghosh其他文献

Sankar Ghosh的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('Sankar Ghosh', 18)}}的其他基金

Exploring a novel lncRNA regulator of T-cell function
探索 T 细胞功能的新型 lncRNA 调节因子
  • 批准号:
    10427423
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
Exploring a novel lncRNA regulator of T-cell function
探索 T 细胞功能的新型 lncRNA 调节因子
  • 批准号:
    10303748
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
Understanding the importance of IkB-b as a selective co-activator of NF-kB signaling
了解 IkB-b 作为 NF-kB 信号传导选择性共激活剂的重要性
  • 批准号:
    10404063
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
Understanding the importance of IkB-b as a selective co-activator of NF-kB signaling
了解 IkB-b 作为 NF-kB 信号传导选择性共激活剂的重要性
  • 批准号:
    10153691
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
miRNA-mediated regulation of LPS tolerance
miRNA 介导的 LPS 耐受性调节
  • 批准号:
    9058465
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
miRNA-mediated regulation of LPS tolerance
miRNA 介导的 LPS 耐受性调节
  • 批准号:
    8987945
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
Understanding the pathway that links lipopolysaccharide (LPS) to mitochondrial function using a novel mouse model
使用新型小鼠模型了解连接脂多糖 (LPS) 与线粒体功能的途径
  • 批准号:
    9068921
  • 财政年份:
    2015
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
Understanding the Role of a Long Noncoding RNA in Celiac Disease
了解长非编码 RNA 在乳糜泻中的作用
  • 批准号:
    8839530
  • 财政年份:
    2014
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
Understanding the Role of a Long Noncoding RNA in Celiac Disease
了解长非编码 RNA 在乳糜泻中的作用
  • 批准号:
    9336894
  • 财政年份:
    2014
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
Understanding the Role of a Long Noncoding RNA in Celiac Disease
了解长非编码 RNA 在乳糜泻中的作用
  • 批准号:
    9115578
  • 财政年份:
    2014
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:

相似海外基金

Linkage of HIV amino acid variants to protective host alleles at CHD1L and HLA class I loci in an African population
非洲人群中 HIV 氨基酸变异与 CHD1L 和 HLA I 类基因座的保护性宿主等位基因的关联
  • 批准号:
    502556
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
Olfactory Epithelium Responses to Human APOE Alleles
嗅觉上皮对人类 APOE 等位基因的反应
  • 批准号:
    10659303
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
Deeply analyzing MHC class I-restricted peptide presentation mechanistics across alleles, pathways, and disease coupled with TCR discovery/characterization
深入分析跨等位基因、通路和疾病的 MHC I 类限制性肽呈递机制以及 TCR 发现/表征
  • 批准号:
    10674405
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
An off-the-shelf tumor cell vaccine with HLA-matching alleles for the personalized treatment of advanced solid tumors
具有 HLA 匹配等位基因的现成肿瘤细胞疫苗,用于晚期实体瘤的个性化治疗
  • 批准号:
    10758772
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
Identifying genetic variants that modify the effect size of ApoE alleles on late-onset Alzheimer's disease risk
识别改变 ApoE 等位基因对迟发性阿尔茨海默病风险影响大小的遗传变异
  • 批准号:
    10676499
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
New statistical approaches to mapping the functional impact of HLA alleles in multimodal complex disease datasets
绘制多模式复杂疾病数据集中 HLA 等位基因功能影响的新统计方法
  • 批准号:
    2748611
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
    Studentship
Recessive lethal alleles linked to seed abortion and their effect on fruit development in blueberries
与种子败育相关的隐性致死等位基因及其对蓝莓果实发育的影响
  • 批准号:
    22K05630
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Genome and epigenome editing of induced pluripotent stem cells for investigating osteoarthritis risk alleles
诱导多能干细胞的基因组和表观基因组编辑用于研究骨关节炎风险等位基因
  • 批准号:
    10532032
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
Investigating the Effect of APOE Alleles on Neuro-Immunity of Human Brain Borders in Normal Aging and Alzheimer's Disease Using Single-Cell Multi-Omics and In Vitro Organoids
使用单细胞多组学和体外类器官研究 APOE 等位基因对正常衰老和阿尔茨海默病中人脑边界神经免疫的影响
  • 批准号:
    10525070
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
Leveraging the Evolutionary History to Improve Identification of Trait-Associated Alleles and Risk Stratification Models in Native Hawaiians
利用进化历史来改进夏威夷原住民性状相关等位基因的识别和风险分层模型
  • 批准号:
    10689017
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 24.53万
  • 项目类别:
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了