Modeling mRNA splicing by exon definition in silico
通过外显子定义在计算机中模拟 mRNA 剪接
基本信息
- 批准号:371758-2009
- 负责人:
- 金额:$ 1.38万
- 依托单位:
- 依托单位国家:加拿大
- 项目类别:Discovery Grants Program - Individual
- 财政年份:2010
- 资助国家:加拿大
- 起止时间:2010-01-01 至 2011-12-31
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
Interpretation of the effects of variation in genes is among the most challenging and important problems to be addressed in deciphering the sequences of complete genomes. My laboratory has developed bioinformatic theory, software, and applications to understand and predict the consequences of DNA sequence changes. This framework uses information theory to relate differences between the strengths of interactions between proteins and DNA or RNA to their effects on gene expression. Information theory can be used to detect and quantify signals in DNA or RNA that are recognized and bound by proteins in the cell. This project will develop and evaluate mathematical models for the natural cellular process to identify elemental protein-coding units of genes, termed exons, from the sequences of unprocessed RNA transcripts. Correct processing of these transcripts is called mRNA splicing. We will use information theory to define these signals, and then combine multiple signals within individual exons to distinguish and quantify correctly processed mRNA transcripts from potential decoys. The predictions will be compared with published sequence databases of expressed genes to determine the accuracy of these models. The models, methods, and software developed in this will be useful for predicting gene expression patterns in humans and other species. These resources will eventually be used in studies of common sequence variants that are predicted to affect normal mRNA splicing.
解释基因变异的影响是破译完整基因组序列中最具挑战性和最重要的问题之一。我的实验室已经开发了生物信息学理论,软件和应用程序来理解和预测DNA序列变化的后果。该框架使用信息论将蛋白质与DNA或RNA之间相互作用的强度差异与其对基因表达的影响联系起来。信息论可用于检测和量化DNA或RNA中被细胞中的蛋白质识别和结合的信号。该项目将开发和评估自然细胞过程的数学模型,以从未加工的RNA转录物序列中识别基因的基本蛋白质编码单位(称为外显子)。 这些转录本的正确加工被称为mRNA剪接。我们将使用信息论来定义这些信号,然后将单个外显子内的多个信号联合收割机来区分和定量正确加工的mRNA转录物与潜在的诱饵。预测结果将与已发表的表达基因序列数据库进行比较,以确定这些模型的准确性。 在此开发的模型,方法和软件将有助于预测人类和其他物种的基因表达模式。这些资源最终将用于研究预测影响正常mRNA剪接的常见序列变体。
项目成果
期刊论文数量(0)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}
{{ item.title }}
- 作者:
{{ item.author }}
数据更新时间:{{ patent.updateTime }}
Rogan, Peter其他文献
Readability of online sources of information regarding epilepsy surgery and its impact on decision-making processes
- DOI:
10.1016/j.yebeh.2021.108033 - 发表时间:
2021-05-21 - 期刊:
- 影响因子:2.6
- 作者:
O'Callaghan, Caitlin;Rogan, Peter;Kinney, Michael - 通讯作者:
Kinney, Michael
Rogan, Peter的其他文献
{{
item.title }}
{{ item.translation_title }}
- DOI:
{{ item.doi }} - 发表时间:
{{ item.publish_year }} - 期刊:
- 影响因子:{{ item.factor }}
- 作者:
{{ item.authors }} - 通讯作者:
{{ item.author }}
{{ truncateString('Rogan, Peter', 18)}}的其他基金
Unified framework for non-coding mutation analysis based on information theory
基于信息论的非编码突变分析统一框架
- 批准号:
RGPIN-2015-06290 - 财政年份:2019
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Discovery Grants Program - Individual
Unified framework for non-coding mutation analysis based on information theory
基于信息论的非编码突变分析统一框架
- 批准号:
RGPIN-2015-06290 - 财政年份:2018
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Discovery Grants Program - Individual
Unified framework for non-coding mutation analysis based on information theory
基于信息论的非编码突变分析统一框架
- 批准号:
RGPIN-2015-06290 - 财政年份:2017
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Discovery Grants Program - Individual
Unified framework for non-coding mutation analysis based on information theory
基于信息论的非编码突变分析统一框架
- 批准号:
RGPIN-2015-06290 - 财政年份:2016
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Discovery Grants Program - Individual
Unified framework for non-coding mutation analysis based on information theory
基于信息论的非编码突变分析统一框架
- 批准号:
RGPIN-2015-06290 - 财政年份:2015
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Discovery Grants Program - Individual
Modeling mRNA splicing by exon definition in silico
通过外显子定义在计算机中模拟 mRNA 剪接
- 批准号:
371758-2009 - 财政年份:2014
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Discovery Grants Program - Individual
Modeling mRNA splicing by exon definition in silico
通过外显子定义在计算机中模拟 mRNA 剪接
- 批准号:
371758-2009 - 财政年份:2012
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Discovery Grants Program - Individual
Modeling mRNA splicing by exon definition in silico
通过外显子定义在计算机中模拟 mRNA 剪接
- 批准号:
371758-2009 - 财政年份:2011
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Discovery Grants Program - Individual
Modeling mRNA splicing by exon definition in silico
通过外显子定义在计算机中模拟 mRNA 剪接
- 批准号:
371758-2009 - 财政年份:2009
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Discovery Grants Program - Individual
相似国自然基金
LNP-mRNA肿瘤疫苗联合Icaritin用于增强实体瘤免疫治疗的研究
- 批准号:
- 批准年份:2025
- 资助金额:0.0 万元
- 项目类别:省市级项目
mRNA封装的细胞外囊泡通过递送OSTN抑制机械应力下铁死亡促进纤维环修复的研究
- 批准号:QN25H060013
- 批准年份:2025
- 资助金额:0.0 万元
- 项目类别:省市级项目
重利用抗病毒旁观者T细胞的通用型实体瘤mRNA疫苗的新策略研究
- 批准号:R25H160009
- 批准年份:2025
- 资助金额:0.0 万元
- 项目类别:省市级项目
tRF-16-KPU7K1B结合YBX1调控LCN2 mRNA的m5C修饰促进结直肠癌对伊立替康获得性耐药
- 批准号:
- 批准年份:2025
- 资助金额:0.0 万元
- 项目类别:省市级项目
功能化纳米脂质体的构建及其膜融合介导的mRNA递送研究
- 批准号:Z25B040003
- 批准年份:2025
- 资助金额:0.0 万元
- 项目类别:省市级项目
YTHDF2通过影响m6A-ATG4B mRNA降解促进三阴性乳腺癌干性和化疗耐药的作用及机制研究
- 批准号:
- 批准年份:2025
- 资助金额:0.0 万元
- 项目类别:省市级项目
金纳米团簇可逆性增强RNA异相凝聚效应提升mRNA囊泡载体递送效率的研究
- 批准号:
- 批准年份:2025
- 资助金额:0.0 万元
- 项目类别:省市级项目
FTO介导RBP-J mRNA m6A修饰调控Notch信号活性从而影响心梗后心肌纤维化进程
- 批准号:2025JJ70597
- 批准年份:2025
- 资助金额:0.0 万元
- 项目类别:省市级项目
YTHDC1通过对CA3 mRNA m6A修饰的调节在糖尿病心肌病中的作用及机制研究
- 批准号:2025JJ60515
- 批准年份:2025
- 资助金额:0.0 万元
- 项目类别:省市级项目
胆囊腺癌中WTAP介导外周血CTCs PD-L1 mRNA的m6A甲基化修饰的机制研究
- 批准号:2025JJ81163
- 批准年份:2025
- 资助金额:0.0 万元
- 项目类别:省市级项目
相似海外基金
Interrogating the role of m6A mRNA methylation in the aging of the β-cell and diabetes
探讨 m6A mRNA 甲基化在 β 细胞衰老和糖尿病中的作用
- 批准号:
10644215 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Control of vascular form and fate by a novel pre-mRNA splicing mechanism
通过新型前mRNA剪接机制控制血管形态和命运
- 批准号:
DP230101541 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Discovery Projects
Pre-mRNA Processing and Function of Alternatively Spliced Isoforms of TFPI
TFPI 选择性剪接亚型的前 mRNA 加工和功能
- 批准号:
10664506 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Biogenesis of mRNA-derived telomerase long noncoding RNA
mRNA 衍生端粒酶长非编码 RNA 的生物发生
- 批准号:
10638429 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
CSHL 2023 Eukaryotic mRNA Processing Conference
CSHL 2023真核mRNA加工会议
- 批准号:
10679367 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Mechanisms and regulation of mRNA 3' processing
mRNA 3 加工的机制和调控
- 批准号:
10824010 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
CAREER: Uncovering the regulation of low fidelity mRNA splicing
职业:揭示低保真 mRNA 剪接的调控
- 批准号:
2237568 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Continuing Grant
Genome-wide Mapping of Ribosome Occupancies with Inhibitor-Induced mRNA Covalent Labeling
通过抑制剂诱导的 mRNA 共价标记进行核糖体占据的全基因组图谱
- 批准号:
10575642 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Regulation of pre-mRNA splicing by the circadian system
昼夜节律系统对前体 mRNA 剪接的调节
- 批准号:
2309854 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别:
Standard Grant
Developmental regulation of epithelial polarization by pre-mRNA splicing
mRNA前体剪接对上皮极化的发育调节
- 批准号:
10583675 - 财政年份:2023
- 资助金额:
$ 1.38万 - 项目类别: