Ingénierie intégrée des bioprocédés par PCR quantitative à grand débit

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Notre laboratoire a développé depuis une quinzaine d'années une plateforme exceptionnelle de criblage, d'analyse, de modélisation et d'optimisation des bioprocédés de production de produits biologiques à très haute valeur ajoutée, tels les protéines recombinantes, les virus pour la vaccination ou la thérapie génique et les cellules souches (ou les cultures primaires) pour la thérapie cellulaire. À titre d'exemple, dans le cadre du développement d'une thérapie cellulaire pour la dystrophie musculaire de Duchenne (DMD), nous avons conçu un milieu de culture unique pour la multiplication de cellules musculaires (myoblastes) en criblant d'une manière exhaustive les effets individuels et synergiques de plus d'une soixantaine d'additifs, ce qui a impliqué un nombre d'expérience théorique de plus de 2^60 = 10^18 expériences. Un tel criblage est à notre connaissance d'une ampleur sans égale dans la littérature. Il a permis de développer un milieu de culture entièrement défini qui performe mieux que les milieux non-définis précédemment utilisés, ce qui a contribué à rendre les cellules produites plus sécuritaires pour les essais cliniques. Pour ce faire, nous avons entre autre mis à contribution l'analyse de la transcription de plus de 100 gènes de cytokines, facteurs de croissance, facteurs autocrines et récepteurs de ces molécules par RT-PCR. Cette étape est présentement le maillon faible de notre plateforme puisque nous n'avons accès qu'à des appareils non-quantitatifs et à faible débit. La présente demande vise à compléter notre arsenal de moyens analytiques avec un appareil de RT-PCR quantitatif (qRT-PCR) à lecture multiple. À notre banque de gènes actuelle, nous pourrions alors rajouter toute une série de gènes spécifiques à différents types cellulaires et tissus. Combinée à la qRT-PCR, cette banque nous permettrait alors de suivre au cours des cultures l'évolution précise des profils d'expression de différents gènes critiques à la production de certains types cellulaires et ainsi contribuer à une amélioration plus poussée et plus rapide de bioprocédés d'une grande importance pour le développement de plusieurs thérapies, basées sur l'utilisation de protéines recombinantes, de vecteurs viraux ou de cellules de différents tissus.