Mesure de la méthylation de l'ADN par pyroséquençage

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Grâce à des percées majeures au niveau technologique, l'efficacité du séquençage d'ADN s'est décuplé au cours de la dernière décennie ce qui en a fait décroître les coûts. Tous les secteurs de recherche bénéficient de ces avancées technologies associées à la génomique. Le défi d'aujourd'hui est de déterminer comment cette séquence d'ADN se traduit en caractéristiques physiques, en performances au niveau de l'élevage des animaux domestiques ou dans le développement de maladies. Au cours des dernières années, un niveau de complexité s'est ajouté au génome alors que l'on réalise que l'environnement dans lequel vit l'organisme peut influencer la façon dont la séquence d'ADN est lue à court et à long terme. Des perturbations environnementales aussi simples que la nutrition maternelle durant la gestation peuvent perturber l'expression des gènes pour la vie entière de la descendance. Ceci offre de nouvelles pistes pour enfin comprendre l'origine développementale des maladies ou comment l'environnement toxicologique ou les conditions d'élevage peuvent influencer le devenir des individus. Nous connaissons présentement plusieurs marques qui se déposent autours du génome pour en influencer l'expression et l'une d'entre elles est la méthylation de l'ADN. L'ajout de ce groupement chimique sur l'ADN influence l'expression des gènes et les membres de notre équipe travaillent à en comprendre les effets. La première étape de notre approche consiste à utiliser une des plateformes génomiques pour sonder le génome rapidement afin d'identifier des régions démontrant des différences de niveaux de méthylation. Lorsque ces régions sont identifiées, nous devons valider nos résultats avec une autre approche méthodologique cette fois-ci plus ciblée pour confirmer les premières observations. Présentement nous n'avons pas accès à l'appareil qui nous permet de le faire. L'appareil demandé est un pyroséquenceur qui permet de "lire" la séquence d'ADN. En traitant le matériel génétique chimiquement, il est possible de transformer toutes les bases d'ADN de type cytosine qui ne sont pas protégées par un groupement méthyl. Lors de la lecture, la présence de cytosines nous indique que ces bases étaient méthylées. En comparant la position et l'abondance des groupements méthyls entre des échantillons associés à des conditions physiologiques différentes, il est possible d'identifier des différences qui deviennent en quelque sorte des marqueurs épigénétique pour ces conditions pour poursuivre l'étude ou pour servir au développement d'un outil diagnostique. Ce manque d'accessibilité nuit grandement à notre compétitivité puisque nous accusons des retards dans l'achèvement de cette étape de validation cruciale pour la publication de nos résultats. L'étude de l'épigénome est en pleine émergence devenant la prochaine révolution génomique pour tous les secteurs de recherche (agriculture, biologie, médecine, etc.).