Génomique de précision en agriculture

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Cette demande vise l'acquisition d'un PCR digital pour accélérer et bonifier nos activités de recherche dans le domaine de la transcriptomique en agriculture. Nous utilisons actuellement différentes plateformes technologiques qui permettent une analyse de l'expression des gènes (micro-puces, RNAseq, qPCR er séquençage de génomes bactériens) et les cibles qui sont découvertes doivent être validées par quantification absolue. La quantification précise par PCR digital est en effet un incontournable pour les micro-échantillons (ovocyte, cellule individuelle, faible quantité de cellules uniques isolées par cytométrie de flux, etc) et le comptage absolu des génomes microbiens ou mitochondriaux. En effet, contrairement aux appareils de PCR ordinaires ou quantitatifs (qPCR) le PCR digital a une capacité de réaliser des mesures extrêmement précises puisque le comptage de molécules se fait à la fin du PCR (end-point PCR) ce qui permet de détecter des molécules très rares, parmi unemultitude de molécules. Ce nouvel équipement va pouvoir desservir plusieurs équipes de recherche et dans des perspectives relativement différentes soit, les micro échantillons, la mesure de précision dans les tissus animaux et la quantification précise dans le secteur du microbiome et des mitochondries. Notre équipe comprends 9 chercheurs de la Faculté des Sciences de l'Agriculture et de l'Alimentation et prévoie la formation de 14 MSc, 23 PhD, 6 post doc et 5 professionnels de recherche en plus de celui rattaché à son utilisation. Le fonctionnement de l'appareil est à la portée d'un étudiant gradué ayant suivi une formation de la part du professionnel de recherche. Nous n'avons pas cet appareil à notre disposition et cela diminue notre capacité à valider nos données génomiques et allonge la durée des études de nos PHQ qui doivent attendre pour accéder à ce type d'appareil. Toutes les équipes auront donc un accès facile pour le design des amorces permettant le travail de mise au point des conditions d'amplification de façon efficace dans chacun de nos laboratoires respectifs. L'appareil sera localisé en sciences animales mais accessible par clé magnétique à toutes les équipes de notre Faculté. Finalement, l'appareil permettra à notre personnel d'accroître ses compétences et de partager leurs expériences dans la mise au point des tests et dans l'interprétation des données liées à quantification précise de l'ADN. Chaque équipe apporte un objectif différent quant à l'acquisition de nouvelles connaissances, mais utilise une approche méthodologique commune. Ceci représente un environnement favorable et riche pour les échanges transdisciplinaires.**