地衣是与藻类或蓝细菌互惠共生的特殊真菌，在生长生态、生殖生存及生理生化等方面，表现为既不同于普通真菌，又有异于普通藻类及蓝细菌的独特性状。作为共生生物、先锋生物和起源较早的生物，地衣的遗传多样性及居群分化研究对理解物种形成和生命进化十分重要。遗传变异是决定物种适应和占据新生境的重要因子，但在地衣中，对遗传变异的产生和维持的过程所知甚少。从多个样区、样方获取属于不同生长型的红脐鳞、坚韧胶衣及雪地茶等重要地衣种类的样本，以核糖体中的ITS序列及SSU上的I型内含子的分布类型为分子标记，发现重要地衣物种内的单倍体型；通过单倍体型网路重建，区分古老单倍体型、节间单倍体型和末端单倍体型；结合地衣特有的次生代谢产物所显示的化学型，阐明重要地衣物种的居群结构；通过表达文库构建及适量ESTs的获得并与即将完成的首个地衣基因组的比较，分析地衣生长、生殖和共生类型与居群分化程度间的关系，探讨地衣物种形成机制。