借助于现代分子生物学手段对海岛棉资源进行评价、开发和应用研究。（1）以海岛棉遗传标准系Pima3-79为对象，开发海岛棉基因组的SSR和RGA标记，并将其定位到海陆种间遗传连锁图上。（2）利用非物种特异性的SRAP标记、海岛棉纤维的EST-SSR以及本研究开发的SSR和RGA标记对海岛棉品种进行遗传多样性分析，剖析其遗传基础；田间实验考察产量、品种和抗枯黄萎病性等性状，通过关联分析确定与这些性状连锁的分子标记，用于分子标记辅助的海岛棉优良性状向陆地棉的转移。（3）根据聚类结果，挑选用于陆地棉改良的海岛棉供体亲本，构建基于性状的海岛棉导入系，创造育种新品系。（4）以Pima3-79和海7124构建海岛棉的F2群体，利用分子标记构建海岛棉种内的遗传连锁图。对F2:3分离群体进行重要性状的考察，借助于构建的遗传图谱将控制这些性状的QTL定位到遗传连锁图上，用于海岛棉的分子标记辅助育种。