华南地区过去曾经历过山脉隆起、气候变化、河流袭夺等一系列地质事件，所以河系及其复杂，淡水鱼多样性非常高。比较亲缘地理学，通过比较同域分布物种的遗传变异地理格局，可以使我们了解地质变迁与生物多样性间的关系。为了解华南地区的亲缘地理格局和地质历史是否是该区域鱼类生物多样性的主要成因，本项目主要基于线粒体基因、核基因和微卫星等遗传标记主要分析了分布于该区域的东方墨头鱼、纹唇鱼、银鮈、细尾白甲鱼、高体鳑鲏和小鳔鮈属等鲤科鱼类的亲缘地理和系统发育关系。研究发现线粒体遗传标记比核基因和微卫星遗传标记更能反映该区域鱼类的空间遗传变异结构。通过这些鱼类的遗传变异和种群遗传结构分析，发现在该区域主要存在五指山、武夷山、云开大山和南岭四个地理壁障，从而识别了四个主要的生物地理区群：1.海南昌化江群；2.云开大山以南群；3.长珠江群；4.东南沿海群。河流袭夺是这些区系鱼类跨地理壁障基因交流的主要原因。通过本项目的研究，我们提出华南与台湾地区淡水鱼类间的扩散与交流应该有三条路线：1.从浙闽区到台湾头前溪-后龙溪的北线；2.从九龙江至台湾苗栗高原区的南线；3.从浙江独立水系至台湾淡水河路线。