海峡两岸淡水鱼类的分布格局、起源和演化过程一直是两岸鱼类学者共同关注的热点问题之一。目前关于此方面的研究结论主要是基于物种以上的分类单元的分布特征和相似性，利用分支系统学的方法加以推理，缺少最新的分子证据支持。鮈亚科（Gobioninae）的银鮈（Squalidus argentatus）在大陆广泛分布，在台湾为局限分布，是了解两岸淡水鱼类起源和扩散路径的极好材料。本研究以线粒体DNA 的cyt b基因序列为分子标记，借助最新发展的系统发育地理学分析方法，确定大陆南部各水系和台湾的银鮈种群亲缘地理关系，从而对两岸淡水鱼类的起源和南部地区各水系淡水鱼类扩散路径进行重建；并结合微卫星标记对大陆南部地区各水系和台湾银鮈种群的遗传多样性和种群分化及种群动态进行深入的研究。研究结果对了解我国淡水鱼类的起源和进化及其扩散过程等内容有极其重要的意义，同时也为我国鱼类的生物多样性保护和管理提供借鉴依据。