外来红树植物无瓣海桑入侵潜能的分子遗传学基础

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    31070290
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    32.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C0208.植物资源保护与利用
  • 结题年份:
    2013
  • 批准年份:
    2010
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2011-01-01 至2013-12-31

项目摘要

生物入侵是当前最棘手的全球环境问题之一。入侵种的适应性进化和入侵机制的遗传学基础是一个具有挑战意义的项目和研究方向,其中入侵种入侵初始阶段所普遍经历的迟滞期(lag phase)在分子层面上所发生的遗传改变是入侵生物学最感兴趣的问题之一。本研究以外来红树植物无瓣海桑为研究对象,采用第二代高通量测序技术(Solexa),大规模系统比较该物种入侵地中国种群与原产地孟加拉国种群基于多基因位点遗传空间模式上的异同;探索在入侵过程中,尤其是该物种所处的入侵初始阶段在种群水平发生改变的基因,并探讨这些基因与植物入侵生物学特性的相关性;了解遗传差异与入侵效应的关系;从分子水平评估无瓣海桑的入侵潜能;揭示种群水平无瓣海桑适应性变异的意义;为从基因组水平上理解生物入侵和相互间作用的本质以及进化的机制提供理论依据;并将对有害生物的防治,维护海岸滩涂生态环境的平衡、合理利用与管理红树植物资源等研究提供重要参考。

结项摘要

无瓣海桑是红树林优良乔木树种,天然分布于印度、孟加拉和斯里兰卡等国,1985年从孟加拉国Sunderban地区引进到我国海南岛试种成功,随后在华南沿海广泛引种并表现出良好的环境适应性。但随着引种面积的迅速扩大,无瓣海桑是否会造成生态入侵等问题已引起较大争论。本研究利用了第二代高通量测序技术对分布在孟加拉国Sunderban地区的无瓣海桑三个群体和中国沿海五个群体中随机选取的40个基因的混合PCR产物进行了测序,比较了原产地和引入地无瓣海桑群体遗传多态性的变化,在分子水平上对其入侵潜力进行了探讨。研究结果表明,引入地群体相对于原产地群体丢失了大部分低频的SNP,却保留了大部分的中高频SNP。基于遗传瓶颈模型的计算机模拟结果显示,引入地无瓣海桑的有效群体大小相对于原产地显著减小,受到了很强的遗传瓶颈效应的影响,而且在引入地群体中并未检测到多次引种混合或近缘种遗传渐渗的证据,这与历史上的引种记录相符合。此外,我们对最初引种到东寨港并保存至今的第一代无瓣海桑6株个体进行的研究发现,这些个体具有极高的遗传杂合度。进一步的研究表明引入地所有群体中并未检测到异于原产地群体的高频单倍型或SNP。这些结果显示,中国的无瓣海桑群体的遗传多态性水平虽然相对于原产地群体有所降低,但在引种后将近30年的时间里,其多态性水平及其遗传频谱特征一直处于较稳定的状态,在群体遗传水平上并没有发生群体扩张或缩减的现象,这除了无瓣海桑由于属于长世代的乔木所导致的相对引种时间较短的原因外,还与最初的建群者个体的高度杂合性以及大面积的人工种植有关。本研究的结果表明了现阶段的中国无瓣海桑群体仍处于种群遗传瓶颈时期。随着引种时间的增长,中国无瓣海桑群体在群体遗传特征上依然存在变化的可能性,因此对其遗传动态进行长期的生态监控也仍然是必要的。此外,采用同样的研究技术和方法,我们有目的地对另外两种入侵植物(薇甘菊和互花米草)进行了转录组测序,分别对两者在群体水平上的遗传特征进行了探讨并对分子遗传标记进行了开发;除此之外,我们进一步开展了多种红树植物及其陆生近缘种的转录组分析与比较,红树植物角果木的系统地理学及其在高盐环境中基因转录水平的自我平衡的研究;另外我们还同时开展了多种红树植物自然杂交事件验证的研究。本项研究为合理管理和利用红树林资源提供了新的参考。

项目成果

期刊论文数量(8)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Transcriptional homeostasis of a mangrove species, Ceriops tagal, in saline environments, as revealed by microarray analysis.
微阵列分析揭示了盐环境中红树林物种 Ceriops tagal 的转录稳态
  • DOI:
    10.1371/journal.pone.0036499
  • 发表时间:
    2012
  • 期刊:
    PloS one
  • 影响因子:
    3.7
  • 作者:
    Liang S;Fang L;Zhou R;Tang T;Deng S;Dong S;Huang Y;Zhong C;Shi S
  • 通讯作者:
    Shi S
Molecular evidence for natural hybridization in the mangrove fern genus Acrostichum.
红树蕨属 Acrostichum 自然杂交的分子证据
  • DOI:
    10.1186/1471-2229-13-74
  • 发表时间:
    2013-05-01
  • 期刊:
    BMC plant biology
  • 影响因子:
    5.3
  • 作者:
    Zhang R;Liu T;Wu W;Li Y;Chao L;Huang L;Huang Y;Shi S;Zhou R
  • 通讯作者:
    Zhou R
Molecular confirmation of natural hybridization between Lumnitzera racemosa and Lumnitzera littorea
Lumnitzera racemosa 和 Lumnitzera littorea 自然杂交的分子证实
  • DOI:
    10.1016/j.aquabot.2011.03.001
  • 发表时间:
    2011-07-01
  • 期刊:
    AQUATIC BOTANY
  • 影响因子:
    1.8
  • 作者:
    Guo, Miaomiao;Zhou, Renchao;Shi, Suhua
  • 通讯作者:
    Shi, Suhua
Exploring the pattern of phenotypic and genetic polymorphism in the arsenic hyperaccumulator Pteris vittata L. (Chinese brake fern)
砷超积累植物 Pteris vittata L.(中国刹车蕨)的表型和遗传多态性模式探讨
  • DOI:
    10.1007/s11104-013-1810-1
  • 发表时间:
    2013-06
  • 期刊:
    Plant and Soil
  • 影响因子:
    4.9
  • 作者:
    Bing Yang;Alessio Mengoni;Ye-Ling Huang;Xiong-Lei He;Jin-Tian Li;Bin Liao;Mi Zhou;Wen-Sheng Shu
  • 通讯作者:
    Wen-Sheng Shu
Differentiated population structure of a genetically depauperate mangrove species Ceriops tagal revealed by both Sanger and deep sequencing
桑格和深度测序揭示了基因退化红树林物种 Ceriops tagal 的分化种群结构
  • DOI:
    10.1016/j.aquabot.2012.04.001
  • 发表时间:
    2012-08-01
  • 期刊:
    AQUATIC BOTANY
  • 影响因子:
    1.8
  • 作者:
    Huang, Yelin;Zhu, Chunchao;Shi, Suhua
  • 通讯作者:
    Shi, Suhua

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  • 作者:
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  • 通讯作者:
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AI项目解读示例

课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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