复杂疾病相关的非编码RNA识别模型及算法研究
批准号:
11371355
项目类别:
面上项目
资助金额:
55.0 万元
负责人:
闫桂英
依托单位:
学科分类:
生物与生命科学中的数学
结题年份:
2017
批准年份:
2013
项目状态:
已结题
项目参与者:
万林、刘明熹、张瑶、徐鑫、唐与聪、王晓阳
中文摘要
多项研究证实,非编码RNA 具有多种复杂的调控功能,其调节异常往往是多种复杂疾病发病的重要原因。识别与复杂疾病相关的非编码RNA,对理解复杂疾病发病机理,确定复杂疾病相关的标记物,研发药物以及促进临床医疗,改善全人类的健康水平等具有极为重要的意义,是目前生物医学领域的重点和热点问题。 本项目将通过收集、整合相关研究领域中海量的多类型数据,构建非编码RNA和复杂疾病的关联网络,通过对网络的拓扑分析,综合运用机器学习、概率统计和优化等方法构建识别复杂疾病相关的非编码RNA的数学模型。针对特殊复杂病种,利用所构建的预测模型识别潜在的与其相关的非编码RNA,并通过实验手段进行验证,这将对揭示非编码RNA在复杂疾病的发生发展进程中的作用机制,解析一些非编码RNA的表达特征和生物学功能,为人类最终攻克如肿瘤、心脑血管疾病、糖尿病等复杂疾病提供理论基础。
英文摘要
Many researches have confirmed that noncoding RNA has many complicated regulatory function, and dysregulation of them would lead to various kinds of complex diseases. Identifying noncoding RNA associated with complex disease would be greatly beneficial to promote the understanding of the pathogenesis of complex diseases, determine markers related complex diseases, develop drugs and improve the public health level, which is the hot and focus problem in bio-medical field at present. Our project would collect and integrate a large number of different kinds of data, and construct association network between complex disease and noncoding RNA. After topology analysis on the association network, we will build mathematical model through comprehensive application of several kinds of methods, such as machine learning, probability and statistics, optimization and so on. For specific complex diseases, we would identify its associated noncoding RNAs and verify them utilizing bioexperiment. The model constructed in our project would provide theoretical basis for uncovering noncoding RNAs interaction mechanism in the progress of complex disease, analyzing expression features and biological functions of some noncoding RNAs, and seeking a cure for human complex diseases such as cancer, cardiovascular and cerebrovascular diseases, diabetes and so on.
本项目将通过收集、整合相关研究领域中海量的多类型数据,构建非编码 RNA 和复杂疾 病的关联网络,通过对网络的拓扑分析,综合运用机器学习、概率统计和优化等方法构建了识别复杂疾病相关的非编码 RNA 的数学模型。针对特殊复杂病种,利用所构建的预测模型识别 潜在的与其相关的非编码 RNA,并进行了验证,结果均显示了较好的预测效果;项目还对与复杂疾病相关的组合药物进行了开创性的研究,广获国际科学新闻媒体报道。这些对揭示非编码 RNA 在复杂疾 病的发生发展进程中的作用机制,解析一些非编码 RNA 的表达特征和生物学功能,为人类最 终攻克如肿瘤、心脑血管疾病、糖尿病等复杂疾病提供理论基础,具有重要的科学意义。
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ASDCD: antifungal synergistic drug combination database.
ASDCD:抗真菌协同药物组合数据库
DOI:
10.1371/journal.pone.0086499
发表时间:
2014
期刊:
PloS one
影响因子:
3.7
作者:
[Chen X, Ren B, Chen M, Liu MX, Ren W, Wang QX, Zhang LX, Yan GY]
通讯作者:
Yan GY
GIMDA: Graphlet interaction-based MiRNA-disease association prediction.
GIMDA Graphlet 基于相互作用的 miRNA 与疾病关联预测
DOI:
10.1111/jcmm.13429
发表时间:
2018-03
期刊:
Journal of cellular and molecular medicine
影响因子:
5.3
作者:
[Chen X, Guan NN, Li JQ, Yan GY]
通讯作者:
Yan GY
A novel computational model based on super-disease and miRNA for potential miRNA-disease association prediction
一种基于超级疾病和 miRNA 的新型计算模型,用于潜在 miRNA-疾病关联预测
DOI:
10.1039/c6mb00853d
发表时间:
2017-06-01
期刊:
MOLECULAR BIOSYSTEMS
影响因子:
--
作者:
[Chen, Xing, Jiang, Zhi-Chao, You, Zhu-Hong]
通讯作者:
You, Zhu-Hong
IRWRLDA: improved random walk with restart for lncRNA-disease association prediction.
IRWRLDA:改进随机游走并重新启动 lncRNA 疾病关联预测
DOI:
10.18632/oncotarget.11141
发表时间:
2016-09-06
期刊:
Oncotarget
影响因子:
--
作者:
[Chen X, You ZH, Yan GY, Gong DW]
通讯作者:
Gong DW
PBMDA: A novel and effective path-based computational model for miRNA-disease association prediction.
PBMDA:一种新颖有效的基于路径的 miRNA 疾病关联预测计算模型
DOI:
10.1371/journal.pcbi.1005455
发表时间:
2017-03
期刊:
PLoS computational biology
影响因子:
4.3
作者:
[You ZH, Huang ZA, Zhu Z, Yan GY, Li ZW, Wen Z, Chen X]
通讯作者:
Chen X
共 15 条
图网络理论和算法及其在生物医学问题中的应用
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批准号:12231018
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项目类别:重点项目
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资助金额:235万元
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批准年份:2022
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负责人:闫桂英
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依托单位:
复杂网络的对称性理论与算法及应用研究
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批准号:12126371
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项目类别:数学天元基金项目
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资助金额:20.0万元
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批准年份:2021
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负责人:闫桂英
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依托单位:
数学科普研究及活动
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批准号:11626027
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项目类别:数学天元基金项目
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资助金额:14.0万元
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批准年份:2016
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负责人:闫桂英
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依托单位:
图理论和算法研究及其在生物信息学中的应用
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批准号:11631014
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项目类别:重点项目
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资助金额:230.0万元
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批准年份:2016
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负责人:闫桂英
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依托单位:
“数学研究的特色与资助”研讨会
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批准号:11426004
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项目类别:数学天元基金项目
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资助金额:15.0万元
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批准年份:2014
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负责人:闫桂英
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依托单位:
协同药物研发中的关键数学问题
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批准号:11326042
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项目类别:数学天元基金项目
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资助金额:20.0万元
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批准年份:2013
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负责人:闫桂英
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依托单位:
第四届图论组合及其应用国际研讨会
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批准号:11126023
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项目类别:数学天元基金项目
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资助金额:5.0万元
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批准年份:2011
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负责人:闫桂英
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依托单位:
信息科学与技术中的网络理论研究
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批准号:60002001
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项目类别:青年科学基金项目
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资助金额:20.0万元
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批准年份:2000
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负责人:闫桂英
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依托单位:
国内基金
海外基金