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硫化叶菌新型错配修复蛋白EndoMS的生化性质鉴定与体内功能的遗传分析
结题报告
批准号:
31970546
项目类别:
面上项目
资助金额:
58.0 万元
负责人:
申玉龙
依托单位:
学科分类:
基因表达及非编码序列调控
结题年份:
2023
批准年份:
2019
项目状态:
已结题
项目参与者:
申玉龙
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中文摘要
古菌及放线菌大都缺乏经典的依赖MutS/MutL的错配修复途径,其错配修复方式一直是个未解之谜。最近在嗜热广古菌和放线菌中鉴定到一种偏好性地识别G/G、G/T和T/T错配的核酸内切酶,命名为EndoMS/NucS, 可能介导一种非典型的错配修复途径。然而,其活性在古菌中的普遍性、体内功能和作用机制未知。本项目以模式超嗜热泉古菌冰岛硫化叶菌(Sulfolobus islandicus REY15A)为材料,采用生物化学和遗传学方法,分析泉古菌中EndoMS的生化性质、基因必需性、基因缺失以及蛋白超表达对菌株生长、损伤剂敏感性和基因突变谱的影响;筛选并鉴定与EndoMS互作、或者识别其它种类错配底物的蛋白或酶; 利用定向进化方法,筛选专一性地识别特定错配的EndoMS突变蛋白。研究结果将有助于全面理解EndonMS性质,拓展酶的应用,揭示EndoMS介导的错配修复途径的普遍性、特征和作用机制。
英文摘要
Almost all of Archaea and actinomycetes lack canonical MutS/MutL-dependent mismatch repair pathway. The way for its mismatch repair has long been a mystery. Recently, an endonuclease, named EndoMS, was identified in some thermophile Euryarchaeota and actinomycetes. It specifically recognizes and cleavages DNA with G/G,G/T,and T/T mismatches, presumably mediating a non-canonical mismatch repair pathway. However, its universality, in vivo function, and mechanism remain unclear. In this study, using Sulfolobusislandicus REY15A as a model crenarchaeon and taking biochemical and genetic approaches, we will analyze the biochemical properties of EndoMS in Crenarcheota, the gene essentiality, the effects of gene knockout, protein overexpression on the growth, and sensitivity to DNA damage agents, as well as mutation profile of the cells. We will also identify putative proteins that can recognize other types of mismatches or interact with EndoMS. At the same time, we will use directed mutagenesis to screen out mutants that can specifically recognize DNA containing a single mismatch. The results will help comprehensively understand properties of EndoMS, expand its application, and will reveal the universality of the activity and unveil the features and mechanism of this novel EndoMS mediated mismatch repair pathway.
期刊论文列表
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专利列表
DOI:10.1128/mbio.00942-23
发表时间:2023-08-31
期刊:MBIO
影响因子:6.4
作者:Jiang, Zhichao;Lin, Zijia;Gan, Qi;Wu, Pengju;Zhang, Xuemei;Xiao, Yuanxi;She, Qunxin;Ni, Jinfeng;Shen, Yulong;Huang, Qihong
通讯作者:Huang, Qihong
The archaeal KEOPS complex possesses a functional Gon7 homolog and has an essential function independent of the cellular t6A modification level
古细菌 KEOPS 复合体具有功能性 Gon7 同源物,并且具有独立于细胞 t6A 修饰水平的基本功能
DOI:--
发表时间:2023
期刊:mLife
影响因子:--
作者:Pengju Wu;Qi Gan;Xuemei Zhang;Yunfeng Yang;Yuanxi Xiao;Qunxin She;Jinfeng Ni;Qihong Huang;Yulong Shen
通讯作者:Yulong Shen
DOI:10.1016/j.isci.2023.108389
发表时间:2023-12-15
期刊:ISCIENCE
影响因子:5.8
作者:Xiao, Yuanxi;Jiang, Zhichao;Zhang, Mengqi;Zhang, Xuemei;Gan, Qi;Yang, Yunfeng;Wu, Pengju;Feng, Xu;Ni, Jinfeng;Dong, Xiuzhu;She, Qunxin;Huang, Qihong;Shen, Yulong
通讯作者:Shen, Yulong
DOI:10.3389/fmicb.2020.607431
发表时间:2020
期刊:Frontiers in microbiology
影响因子:5.2
作者:Ahmad S;Huang Q;Ni J;Xiao Y;Yang Y;Shen Y
通讯作者:Shen Y
Phosphoproteomic Analysis Reveals Rio1-Related Protein Phosphorylation Changes in Response to UV Irradiation in Sulfolobus islandicus REY15A.
磷酸蛋白质组学分析揭示了岛硫化叶菌 REY15A 中 Rio1 相关蛋白对紫外线照射的磷酸化变化
DOI:10.3389/fmicb.2020.586025
发表时间:2020
期刊:Frontiers in microbiology
影响因子:5.2
作者:Huang Q;Lin Z;Wu P;Ni J;Shen Y
通讯作者:Shen Y
硫化叶菌及其病毒多种RHH家族转录因子调控细胞周期的分子机制
  • 批准号:
    32370033
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    50万元
  • 批准年份:
    2023
  • 负责人:
    申玉龙
  • 依托单位:
冰岛硫化叶菌新型ATP酶PINA的生化性质与结构及其在同源重组修复中的作用研究
  • 批准号:
    31670061
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    63.0万元
  • 批准年份:
    2016
  • 负责人:
    申玉龙
  • 依托单位:
硫化叶菌Holliday junction解离酶Hje的体内功能与作用机制研究
  • 批准号:
    31470184
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    88.0万元
  • 批准年份:
    2014
  • 负责人:
    申玉龙
  • 依托单位:
超嗜热古菌Sulfolobus islandicus核酸切除修复途径研究
  • 批准号:
    31170072
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    65.0万元
  • 批准年份:
    2011
  • 负责人:
    申玉龙
  • 依托单位:
超嗜热古菌DNA重组修复解旋酶和核酸酶的作用机制及体内功能
  • 批准号:
    30930002
  • 项目类别:
    重点项目
  • 资助金额:
    175.0万元
  • 批准年份:
    2009
  • 负责人:
    申玉龙
  • 依托单位:
古菌Hjm解旋酶参与复制叉回退和Holliday junction加工的机制
  • 批准号:
    30870046
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    35.0万元
  • 批准年份:
    2008
  • 负责人:
    申玉龙
  • 依托单位:
超嗜热古菌Pyrococcus horikoshii几丁质降解酶研究
  • 批准号:
    30570012
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    30.0万元
  • 批准年份:
    2005
  • 负责人:
    申玉龙
  • 依托单位:
超嗜热古菌DNA复制、修复及重组酶的研究
  • 批准号:
    30470386
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    20.0万元
  • 批准年份:
    2004
  • 负责人:
    申玉龙
  • 依托单位:
国内基金
海外基金