珊瑚礁生态系统生物多样性丰富、生产力十分高，底栖微藻作为初级生产者在其中起着非常重要的作用。本项目对三亚珊瑚礁生态系统中的底栖微藻开展了系统研究，结合现场调查和室内实验，普查了底栖微藻的多样性及季节变化、在不同介质上的栖息分布及与环境因子之间关系等方面进行了研究；运用试验生物学手段，对底栖微藻的生理生态特征进行了探索性研究。相关结果如下：1）调查区域底栖微藻多样性较高，共37属131种，以硅藻为主；2）建立了自然现场底栖微藻多样性的分子学检测方法，通过摄食实验并检测三亚湾桡足类优势种—红纺锤水蚤（Acartia erythraea）对底栖微藻的摄食反应，表明底栖微藻可能作为其食物来源；3）不同季节底栖微藻多样性不同，夏季多样性最高，而秋季最低，并跟踪了珊瑚礁表面附着微藻的季节变化，其在多样性、种类组成与优势种等方面存在差异；4）对马尾藻与珊瑚礁表面附着的底栖微藻进行了定量研究，二者在多样性、生物量及优势种等方面均有不同，表明底栖微藻对栖息介质具有选择性；5）底栖微藻的附着速率较快达1.57×10^9 cells/m2/t，最大丰度达到10^9 cells/m2数量级；6）不同pH值会对底栖微藻的种类组成和优势种产生影响；7）适度升温会刺激威氏海链藻的生长和激活其光合活性；8）初步建立了底栖微藻种库（基因库和种源库），为后续研究提供技术支持。通过本项目的实施，上述结果可为底栖微藻的分类学和分子生态学研究积累基础资料，为珊瑚礁生态系统生物多样性和生物资源保护与利用提供理论依据，对于生态安全也具有重要的实践意义。