靶向外显子组测序高效实用检测眼遗传病基因突变的研究
批准号:
81170881
项目类别:
面上项目
资助金额:
58.0 万元
负责人:
张清炯
依托单位:
学科分类:
眼科学
结题年份:
2015
批准年份:
2011
项目状态:
已结题
项目参与者:
肖学珊、孙文敏、卢博喻、黄莉、陈亚彬
中文摘要
眼遗传病是儿童双眼盲的主要原因,多难治或不可治,基于基因突变检测的优生诊断是目前最有效的防治措施。然而,尽管已确定大量眼遗传病致病基因,但由于眼遗传病的高度遗传异质性和临床多样性,致病基因众多且多缺乏突变热点,目前的技术方法难以有效检出大多数眼遗传病的致病突变,突变检测耗时漫长且涉及费用巨大,大多数眼遗传病优生诊断无法广泛开展。本项目结合已有基础和优势,参照最新全外显子组测序技术原理,设计靶向外显子组捕获系统,定向捕获全部眼遗传病227个基因的外显子,然后用新一代测序技术检测这些基因的全部外显子及其紧邻的内含子区域。通过对已知突变样本和未知突变样本的两批测试,建立快速高效、简便可靠、经济实用的眼遗传病基因突变检测与优生诊断新方法,使大多数眼遗传病优生诊断成为可能。结果对防盲和优生有重要意义。
英文摘要
眼遗传病是儿童双眼盲的主要原因,多难治或不可治,基于基因突变检测的基因诊断是预防与干预的基础。然而,尽管已确定大量眼遗传病致病基因,但由于眼遗传病的高度遗传异质性和临床多样性,致病基因众多且多缺乏突变热点,目前的技术方法难以有效检出大多数眼遗传病的致病突变,突变检测耗时漫长且涉及费用巨大,大多数眼遗传病基因诊断无法广泛开展。本项目结合已有基础和优势,比较分析传统测序与全外显子组测序在不同眼遗传病中突变检测的情况,设计覆盖不同范围眼遗传病致病基因的靶向外显子组捕获系统,定向捕获常见眼遗传病基因(403个)、眼前段眼病相关基因(361个)、眼后段眼病相关基因(386个),通过在Miseq平台上的测序分析,比较不同来源探针、不同测序深度、不同读长、不同类型突变的检出情况,并与分析传统测序、全外显子组测序结果比较,得到了有可能在临床广泛应用的快速、可靠、经济的基于靶向外显子组捕获与测序体系。结果可以大大简化眼遗传病基因突变检测与基因诊断,使大多数眼遗传病常规临床基因诊断成为可能。结果已发表国际期刊论文11篇。本项目研究达到了预期目标。
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A novel truncation mutation in GJA1 associated with open angle glaucoma and microcornea in a large Chinese family
一个新的 GJA1 截短突变与一个中国大家庭的开角型青光眼和小角膜相关
DOI:
10.1038/eye.2015.74
发表时间:
2015-07-01
期刊:
EYE
影响因子:
3.9
作者:
[Huang, X., Wang, N., Zhang, Q.]
通讯作者:
Zhang, Q.
DOI:
10.1371/journal.pone.0065546
发表时间:
2013
期刊:
PloS one
影响因子:
3.7
作者:
[Huang L, Zhang Q, Li S, Guan L, Xiao X, Zhang J, Jia X, Sun W, Zhu Z, Gao Y, Yin Y, Wang P, Guo X, Wang J, Zhang Q]
通讯作者:
Zhang Q
DOI:
10.1371/journal.pone.0100455
发表时间:
2014
期刊:
PloS one
影响因子:
3.7
作者:
[Sun W, Xiao X, Li S, Guo X, Zhang Q]
通讯作者:
Zhang Q
Novel GUCA1A mutation identified in a Chinese family with cone-rod dystrophy
在一个患有视杆细胞营养不良的中国家族中发现了新的 GUCA1A 突变
DOI:
10.1016/j.neulet.2013.02.013
发表时间:
2013-04-29
期刊:
NEUROSCIENCE LETTERS
影响因子:
2.5
作者:
[Huang, Li, Li, Shiqiang, Zhang, Qingjiong]
通讯作者:
Zhang, Qingjiong
DOI:
--
发表时间:
2014
期刊:
JAMA Ophthalmology
影响因子:
8.1
作者:
[Sun, Wenmin, Zhang, Qingjiong, ]
通讯作者:
共 12 条
MYRF与DNMT3A相互作用导致PACG的分子机制研究
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批准号:82171056
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项目类别:面上项目
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资助金额:54万元
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批准年份:2021
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负责人:张清炯
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依托单位:
常染色体隐性遗传RP新致病基因鉴定及初步功能研究
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批准号:81970837
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项目类别:面上项目
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资助金额:55.0万元
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批准年份:2019
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负责人:张清炯
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依托单位:
ARR3基因突变致女性特发性X连锁早发高度近视的分子机制研究
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批准号:81770965
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项目类别:面上项目
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资助金额:56.0万元
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批准年份:2017
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负责人:张清炯
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依托单位:
家族性高度远视PHH基因定位与克隆
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批准号:30971588
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项目类别:面上项目
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资助金额:30.0万元
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批准年份:2009
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负责人:张清炯
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依托单位:
通过分析蛋白复合体差异研究NYX突变致近视的机制
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批准号:30772390
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项目类别:面上项目
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资助金额:20.0万元
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批准年份:2007
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负责人:张清炯
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依托单位:
定位于4q的汉族人高度近视基因克隆与表达分析
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批准号:30572006
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项目类别:面上项目
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资助金额:27.0万元
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批准年份:2005
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负责人:张清炯
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依托单位:
颜色视觉多样性的分子基础与锥细胞色觉基因表达模式
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批准号:39670776
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项目类别:面上项目
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资助金额:10.0万元
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批准年份:1996
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负责人:张清炯
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依托单位:
国内基金
海外基金