课题基金 / 基金详情

蛋白质专一性极化力场在蛋白质药物相互作用研究中的应用

批准号：
20803034
项目类别：
青年科学基金项目
资助金额：
18.0 万元
负责人：
梅晔
依托单位：
华东师范大学
学科分类：
化学模拟与应用
结题年份：
2011
批准年份：
2008
项目状态：
已结题
项目参与者：
韩铭、仝艳、丁云
关键词：
蛋白质药物设计极化

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项目成果

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中文摘要
蛋白质与药物的相互作用计算是合理化药物设计的基础。然而目前由于受到分子力场参数精度的限制，相互作用能的预测精度有待提高。张增辉教授课题组新近发展的蛋白质专一性力场方法（PPFF）将环境的极化效应引入固定点电荷力场参数，为每一种蛋白质提供处于天然构象时的原子电荷参数。该方法克服了目前广泛使用的分子力场方法的不足，从而提高了蛋白质等生物大分子体系理论计算的精度和效率。对部分蛋白质结构和性质的研究表明该力场方案优于传统的力场方法。本研究计划旨在将此蛋白质专一性力场方法推广到蛋白质与药物相互作用能的预测中。通过对具体体系的研究，验证该理论方法对蛋白质与药物结合研究的有效性，进一步发展此力场方法，并且为合理化药物设计提供新的依据。
英文摘要
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DOCKING OF RALTEGRAVIR TO HIV-1 INTEGRASE STRUCTURE ENSEMBLE
拉特拉韦与 HIV-1 整合酶结构整体的对接
DOI： 10.1142/s0219633610006201
发表时间： 2010-12
期刊： Journal of Theoretical & Computational Chemistry
影响因子： 2.4
作者： [梅晔]
通讯作者： 梅晔
Replica exchange molecular dynamics simulation of structure variation from /4-fold to 3-fold protein
复制品交换分子动力学模拟结构变化
DOI： --
发表时间： --
期刊： Journal of Molecular Modeling
影响因子： 2.2
作者： [梅晔]
通讯作者： 梅晔
The electrostatic polarization is essential to differentiate the helical propensity in polyalanine mutants
静电极化对于区分聚丙氨酸突变体的螺旋倾向至关重要
DOI： --
发表时间： --
期刊： Journal of Chemical Physics
影响因子： 4.4
作者： [梅晔]
通讯作者： 梅晔
Polarization of Intraprotein Hydrogen Bond Is Critical to Thermal Stability of Short Helix
蛋白质内氢键的极化对于短螺旋的热稳定性至关重要
DOI： 10.1021/jp208953x
发表时间： 2012-01-12
期刊： JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B
影响因子： 3.3
作者： [Gao, Ya, Lu, Xiaoliang, Mei, Ye]
通讯作者： Mei, Ye
共 15 条
    发展参考势方法框架下的自由能计算方法辅助人工酶设计
    • 批准号：
      22073030
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      63.0万元
    • 批准年份：
      2020
    • 负责人：
      梅晔
    • 依托单位：
      华东师范大学
    增强QM/MM自由能计算效率和精度的方法发展
    • 批准号：
      21773066
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      64.0万元
    • 批准年份：
      2017
    • 负责人：
      梅晔
    • 依托单位：
      华东师范大学
    生物大分子结合水的理论研究
    • 批准号：
      21173082
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      58.0万元
    • 批准年份：
      2011
    • 负责人：
      梅晔
    • 依托单位：
      华东师范大学
    国内基金
    海外基金