复杂遗传变异，包括人类复杂遗传疾病、动植物和微生物的经济性状等，是生物界主要的生命表现形式。过去二十多年中，对复杂变异形成的分子机理的探讨主要集中在基因结构水平的解释；近年来越来越多的证据表明复杂变异更可能由基因转录水平的变异所导致。本研究以一个控制酵母乙醇耐受性自然表型变异的主效QTL为对象，整合传统遗传学的实验技术（遗传交配、定向选择等）和现代功能基因组学的研究手段（高通量的基因分析技术、大规模的数据库信息等）的综合优势，从基因结构、转录水平等不同层次解析表型变异形成的分子机理，揭示该QTL传递其遗传效应的基因表达调控途径，最终实现该复杂表型分子控制的解码。该项目的开展将为复杂数量性状位点的分子解析探索有效的科学方法并积累科学数据，同时为燃料乙醇工业生产菌株的育种实践提供科学基础。