在栽培种中缺少分子标记已经成为许多蔬菜作物分子育种的障碍，本项目以番茄为研究对象，通过对番茄EST和拟南芥菜基因组之间的保守序列比较，确定番茄可能具有内含子的基因以及该基因中内含子的位置和大小，根据保守序列设计引物，从我国不同的栽培番茄品种中将内含子用PCR扩增出来并进行测序，通过比较序列差异检测可以用于栽培种的分子标记，并对这些新发现的分子标记进行定位。同时，将分子标记应用到番茄疮痂病的抗性遗传研究和抗性选育中。通过配制抗感杂交，采用我国优势小种T3对后代进行抗性遗传分析，利用分子标记对后代进行基因型分析和选育。这项研究旨在寻找一条在遗传变异窄的栽培种中可利用的分子标记的发掘途径，探讨分子标记辅助选择在蔬菜育种中的应用前景。