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HCV解旋酶长路径运动行为的单分子研究

批准号:
21708014
项目类别:
青年科学基金项目
资助金额:
23.0 万元
负责人:
邢曦雯
依托单位:
学科分类:
生物分子的化学生物学
结题年份:
2020
批准年份:
2017
项目状态:
已结题
项目参与者:
何玲玲、王媛媛、曾健雄、李欣

项目摘要

结项摘要

项目成果

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中文摘要
HCV解旋酶在HCV病毒复制中起着关键作用,是抗HCV药物研发的重要靶蛋白。深入研究HCV解旋酶的生物功能与作用机制,对以解旋酶为靶点的抗HCV药物研发具有重要意义。已有研究通过光阱、磁镊等单分子技术获得了解旋酶运动轨迹、能量配给、路径依赖等重要信息,但目前尚无解旋酶长路径的单分子观测模型的报道。申报人有较丰富的单分子观测经验,并在前期已完成HCV解旋酶的表达纯化,本项目拟借助申报人已掌握的DNA origami技术,在长矩形DNA origami上搭载HCV来源的长链RNA,作为HCV解旋酶的运动轨道,构建长路径单分子观测模型,并运用此模型对解旋酶长路径的运动特征进行实时观测,进而探讨HCV解旋酶作用的协同效应和对RNA结合蛋白的剥离过程。项目的完成将进一步阐明HCV解旋酶的生物功能与作用机制,为其他解旋酶的研究提供重要参考,并为以解旋酶为靶点的抗HCV药物研发提供重要的理论依据。
英文摘要
HCV helicase, palying a critical role in HCV viral replication, is an important target protein in the development of anti-HCV drugs. Therefore, it is vital to further investigate the biological function and working mechanism of HCV helicase for developing the anti-HCV drugs. The information of helicase’s motion trail, energy supply and path dependence by single-molecule techniques such as optical tweezers and magnetic tweezers, have been well evaluated. However, It's rarely reported about the single-molecule observation model for observing the long-path movement of HCV helicase. In the previous work, we have accumulated rich experience on the single molecular observation, meanwhile, some HCV helicase have been expressed and purified. Hence, in this project, basing on our DNA origami oberving skill, we plan to build a DNA origami observation model for observing the long-path behavior of HCV helicase. Meanwhile, by this observation model, we will try to get more information on the cooperativity and protein displacement of HCV helicase. The completion of the project could deepen the understanding of HCV helicase’s biological functions and working mechanism. Moreover, it will provide an important reference for the research on other helicases and theoretical foundation for the development of anti-HCV drugs.
鉴于主动去甲基过程关键酶TET对体内甲基化水平的维持与调节具有重要作用,近年来对其催化行为的研究逐渐深入,在取得诸多进展的同时,尚有一些重要科学问题有待研究和阐明,其中以TET多步氧化5mC时的催化机制是连续氧化还是分步氧化分歧最大,且因技术限制,底物结构与分布对其酶活性影响的研究也尚未深入。通过我们已经积累的单分子观测经验,条件优化后构建了适用于TET的DNA origami观测体系。采用张力模型、甲基化分布模型DNA/RNA选择模型等模型,辅以经典生化手段,深入探讨张力因素、甲基化分布、不同核酸底物对TET偏好性与反应性的影响;同时借助DNA origami动态观测优势,对TET催化行为进行实时研究。借此阐明在单分子条件下TET的催化机制,为全面弄清TET的作用机理,理解基因组中不同氧化型ox-mC的产生和分布提供理论和实验依据。.项目研究后期,在计划研究内容外将单分子观测体系扩展到DNA去甲基化的过程研究中,为下一阶段的研究打下了良好基础。同时,积极开展科研成果转化,为基金研究成果服务国民经济主战场提供了有效支撑。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
A versatile assay for alkaline phosphatase detection based on thymine-Hg-II-thymine structure generation mediated by TdT
基于 TdT 介导的胸腺嘧啶-Hg-II-胸腺嘧啶结构生成的多功能碱性磷酸酶检测方法
DOI: 10.1016/j.talanta.2018.11.061
发表时间: 2019
期刊: Talanta
影响因子: 6.1
作者: [Wang Yuanyuan, Yang Li, Li Nan, Sun Chuankai, Xia Yiping, Yuan Libo, Lu Jie, Liu Fenyong, Xing Xiwen]
通讯作者: Xing Xiwen
Direct observation and analysis of TET-mediated oxidation processes in a DNA origami nanochip
DNA 折纸纳米芯片中 TET 介导的氧化过程的直接观察和分析
DOI: 10.1093/nar/gkaa137
发表时间: 2020-03
期刊: Nucleic Acids Research
影响因子: 14.9
作者: [Xiwen Xing, Shinsuke Sato, Nai-Kei Wong, Kumi Hidaka, Hiroshi Sugiyama, Masayuki Endo]
通讯作者: Masayuki Endo
Direct Observation of the Double-Stranded DNA Formation through Metal Ion-Mediated Base Pairing in the Nanoscale Structure
通过纳米级结构中金属离子介导的碱基配对直接观察双链 DNA 的形成
DOI: 10.1002/chem.201805394
发表时间: 2019
期刊: Chemistry - A European Journal
影响因子: --
作者: [Xing Xiwen, Feng Yihong, Yu Zutao, Hidaka Kumi, Liu Fenyong, Ono Akira, Sugiyama Hiroshi, Endo Masayuki]
通讯作者: Endo Masayuki
Engineered RNase P Ribozymes Effectively Inhibit the Infection of Murine Cytomegalovirus in Animals
工程化 RNase P 核酶可有效抑制动物体内鼠巨细胞病毒的感染。
DOI: 10.7150/thno.27776
发表时间: 2018-01-01
期刊: THERANOSTICS
影响因子: 12.4
作者: [Li, Wei, Liu, Yujun, Liu, Fenyong]
通讯作者: Liu, Fenyong
6
    配体诱导RNA电荷传递机制与功能耦合的研究
    • 批准号:
      22377034
    • 项目类别:
      面上项目
    • 资助金额:
      50万元
    • 批准年份:
      2023
    • 负责人:
      邢曦雯
    • 依托单位:
    核酸甲基化动态调控机制研究
    • 批准号:
      --
    • 项目类别:
      省市级项目
    • 资助金额:
      100.0万元
    • 批准年份:
      2022
    • 负责人:
      邢曦雯
    • 依托单位:
    抗HCV病毒解旋酶的研究及其小分子抑制剂发现
    • 批准号:
      --
    • 项目类别:
      省市级项目
    • 资助金额:
      10.0万元
    • 批准年份:
      2021
    • 负责人:
      邢曦雯
    • 依托单位:
    国内基金
    海外基金