肝细胞癌是亚太地区最常见的肿瘤之一。目前在分子遗传学水平上对肝癌的发生、发展与转移机制了解甚少，也没有较好的方法进行癌前期病变基因型的早期诊断，更谈不上基因治疗提高患者的生存率。因此，寻找肝癌相关候选基因是目前肝癌研究领域里的重要研究热点。我们课题组应用分子生物学方法从BEL7402细胞株中发现126个碱基发生了变异，HepG2中133个，Hep3B 中316个。三种细胞株中T>C/A>G 和 C>T/G>A 碱基替代概率没有差异，其中18个基因发生碱基的缺失和插入，经分析还发现其中的11个基因(DDB2、NANA、 SF3B、 COX6C、 GNAS、 IL6ST、 MEN1、NANA、RPN1、 SF3B1和SFPQ)在其他肿瘤中也有表达；课题组经检测筛选并确定了44个肝癌肿瘤相关候选基因，其中突变的基因28个，融合基因16个。从44个基因中选取的6个基因（FN1、ZFHX3、LUZP1、ZNF395、LIN1、FLJ20021）在肝癌组织、癌旁组织及正常组织中通过mRNA表达水平检测分析，4个基因（FN1、ZFHX3、ZNF395、LIN1）在肝癌中均呈现低表达或表达缺失，证实这4个基因为肝癌候选抑癌基因。而FLJ20021和LUZP1基因在各组织中的表达差异不显著；通过对各种临床及病理指标与LIN1、ZNF395、ZFHX3和FN1基因表达水平间的相互关系研究，发现FN1基因的表达量与其生存期无明显差异，其表达量与肿瘤浸润门静脉相关，其表达量越低，肿瘤浸润门静脉的几率越高。而ZFHX3基因的表达与临床各项指标相关性不大。通过对LIN 1启动子CpG位点的甲基化水平（7和18位点）分析发现大多数肝癌（87.3%）呈低甲基化水平，LINE-1启动子低甲基化患者的平均术后无病生存率（DFS）比 LINE-1基因启动子高甲基化患者的水平低、总生存期（OS）也短。且CpG位点7和18位点的低甲基化与肿瘤大小、复发率、分期、分化程度都相关；在此基础上，我们构建了ZNF395候选基因的表达质粒，并将其转染至相应肝癌细胞株中，发现该候选基因的表达可以有效地抑制肿瘤细胞的增殖，此现象提示该基因有可能是潜在的肝癌抑制相关基因。这些基因的发现将对肝癌的发生、发展、转移的研究具有重要意义。