随着绩效考核的逐步推广，如何对结果进行合理利用，提高整体绩效水平，是目前困扰疾病预防控制机构的难题。本研究从县级疾病预防控制机构入手，借鉴标杆管理的理念，研制形成《县级疾病预防控制机构绩效诊断书与改进指南》，被国家卫生计生委疾病预防控制局采纳应用于县级疾病预防控制中心的绩效考核中。两年来，绩效指标全面提升。2010-2012年县级疾病预防控制中心职能平均完成度从77.2%提升到85.1%。从不同类别来看，资源配置水平较差的机构提升幅度最大，从2010年的67.1%提升到2012年的79.8%。. 研究在如下方面取得重大突破：. 首先，定量探索明确了疾病预防控制机构的运作规律。以“结构-过程-结果”原理为指导，按照卫生系统宏观模型将县级疾病预防控制中心工作看作一个系统，从“结构（资源配置）”、“过程（能力建设）”和“结果（职能落实）”等维度，筛选有代表性的关键指标，并进一步探索几者之间的运行规律，重点关注结构对过程、过程对结果以及结构对结果的影响。结果提示，资源配置与能力建设之间的相关系数达到0.474，与职能落实之间的相关系数为0.476，能力建设与职能落实之间的相关系数为0.601。. 其次，确定多元立体的“最佳实践”，也是本研究突破的重点与难点。除了常规应用的横向标杆（全国最好水平）、纵向标杆（自身历年最好水平）、标准标杆（指标标准值）之外，研究发现资源配置状况对能力建设、职能落实等有较大的影响，因此，研究在横向、纵向标杆基础上，进一步探讨了“资源配置水平相当的”标杆，即通过主成分聚类方法对华东某省县级疾病预防控制中心的资源配置指标进行聚类，根据聚类结果以每一类机构去极值后取前10%机构的绩效完成度作为此类机构的“最佳虚拟实践”。. 由此，综合形成了包括“横向标杆、纵向标杆、标准标杆及资源配置相当水平机构的标杆”等在内的多视角标杆，确定了现实可比、多元立体的“最佳实践”，为全面诊断和改进疾病预防控制机构的绩效提供了参照。在此基础上，运用规范差距分析法形成了绩效诊断与改进指南，并进一步探讨了一整套科学诊断我国疾病预防控制机构的绩效、促进工作绩效持续改进的思路。