中国对虾"黄海2号"新品种于2009年初通过国家新品种委员会的审定，该品种生长快、抗病性强、存活率高，在一定程度上缓解和控制了WSSV疾病的危害。但目前尚不了解中国对虾“黄海2号”在DNA分子水平抗WSSV的抗病机理。本项目使用Roche 454 GS FLX技术，构建中国对虾“黄海2号”抗WSSV组和WSSV敏感组转录组文库，获得451,637条高质量序列，拼装后获得48,681个单基因（unigene），包括18,560个contig和30,121条singleton，获得可信度较高的SNP标记71724个；通过对抗性特异性序列、中国对虾新基因序列、代谢通路中差异表达序列及已知免疫基因序列的等有关生物信息学分析，锁定4000余个编码区非同义SNP和调控区SNP；执行配种方案，构建家系，并进行WSSV大规模人工感染实验，获得第2-5代中国对虾抗性和敏感个体；使用Tagman绝对荧光定量技术，检测第2-4代抗性及敏感个体体内的病毒含量特征，并以病毒绝对含量为指标，得到3个与病毒绝对含量相关的抗性个体的基因型；建立、优化Lightscanner高通量SNP扫描技术，对SNP位点在第2-4代抗性及敏感个体中进行基因分型检测，并分析等位基因特点，共获得132个多态性SNP位点及8个与抗WSSV显著关联的位点，其中有4个位点与抗病性状正相关；使用第5代抗性及敏感个体，对得到的与抗WSSV位点进行大规模生产性验证，发现关联分析结果与前期结果一致，证实了得到的SNP位点的准确性和有效性。通过本项目研究，将为中国对虾性状相关功能基因的发掘和鉴定、高密度遗传连锁图谱构建等提供丰富的基础数据，同时也将为探究中国对虾的抗病机理奠定基础。