猪主要组织相容性复合体（major histocompatibility complex, MHC）亦称为猪白细胞抗原（swine leukocyte antigen, SLA），其I类分子包括重链和轻链，重链有3个编码基因，分别是SLA-1，SLA-2和SLA-3，均具有多态性；轻链只有一个基因编码，为Beta 2微球蛋白（Beta 2 microglobulin, β2m）。在细胞内质网，重链结合抗原肽后与轻链以非共价键结合，形成复合体，经高尔基体加工后被递呈到细胞表面刺激CD8+ T细胞受体（TCR），引起特异性细胞免疫应答。目前，猪SLA-I类分子的晶体结构研究仅限于已报道的SLA-1*0401以及SLA-1*1502。为了解析猪其他功能基因所形成复合体的晶体结构，本研究在前期研究的基础上，构建了6个品系猪SLA-2、SLA-1和SLA-3原核表达体系，并表达和纯化了重链分子蛋白；然后在丹麦Morten的帮助下，建立了包含课题组所有SLA-I类分子功能基因的猪源病毒细胞毒性T淋巴细胞（cytotoxic T leukocyte, CTL）表位肽预测网站，NetMHCpan 2.8 Server，利用该网站预测了50余条口蹄疫病毒的多肽；SLA-2、SLA-1及SLA-3等蛋白与合成的多肽在体外进行了复性筛选，得到Hu62等7条多肽；能够复性的多肽通过ELISOPT及构建的四聚体实验检测多肽的CTL功能，证明Hu62和As63为优势表位肽。Hu62和As63分别与SLA-2-HB重链和轻链进行蛋白结晶，结果均成功获得了分辨率为2.5 Å的晶体，经过结构解析，表明SLA-2-HB-Hu62-β2m和SLA-2-HB-As63-β2m均为不对称的双分子结构。前者存在两种构象，多肽在抗原多肽结合槽的折叠有两种方式；后者只有一种构象，但多肽的折叠显示存在3个锚定残基。本研究首次解析了猪SLA-2分子的空间结构，并筛选获得了2个有功能的口蹄疫病毒CTL表位，为今后深入研究SLA-I类分子与猪源病毒CTL表位之间的功能关系以及为分子多肽疫苗的研制奠定基础。