淋巴特异的酪氨酸磷酸酶（LYP）与自身免疫疾病密切相关，但其引发自身免疫疾病的分子基础，以及评估LYP是否为治疗自身免疫疾病的靶点是当前亟待解决的问题。本课题在LYP的酶学性质，生化与结构特性，细胞信号转导和小分子化合物抑制剂发展等方面对LYP展开了深入研究。本课题检测了催化结构域中3个单核苷酸多态性S201F,R263Q和R266W对小分子底物，多肽底物和蛋白底物的生化特性，研究了对T细胞受体信号转导和细胞功能的影响，发现R266W突变是一个活力缺失型突变(loss-of-function)；通过反式丙氨酸多肽筛选，基于LYP最适多肽底物的特征序列，并结合生物信息学的方法，发现了LYP的新底物SKAP-HOM、BANK1和ERK2；结合酶学，研究了LYP对多肽底物的催化机理，并通过LYP与磷酸多肽底物的晶体复合物结构，研究了LYP底物特异性和催化多肽底物的结构基础。这些结果说明LYP有很好的底物选择性，而且LYP特异性插入片段和催化中心附近的碱性氨基酸决定其底物特异性。在LYP全长研究中，我们检测了LYP全长野生型和R620W突变，以及LYP不同截短的磷酸酶活力，同时发现LYP调控结构域介导其结合蛋白CSK的泛素化，而LYP的R620W突变和催化结构域都不能将CSK泛素化，LYP调控结构域这一新功能帮助我们更好的理解R620W引发自身免疫性疾病的分子基础。最后，我们针对体外纯化的LYP筛选抑制剂并获得选择性的小分子抑制剂，并验证了其在Jurkat T细胞的功能。在课题项目中，我们阐明了LYP的SNP如R266W的酶学性质，揭示了其对信号转导的作用，发现了LYP介导泛素化，调控一些未知的蛋白底物并揭示其结构基础，这些新机制的发现为理解LYP的功能奠定基础；基于这些结果发展的抑制剂有希望为靶向LYP治疗自身免疫疾病提供新手段。