细胞内转录因子高分辨率DNA结合靶点鉴定新技术的发展及其应用研究

批准号:
61571119
项目类别:
面上项目
资助金额:
65.0 万元
负责人:
王进科
依托单位:
学科分类:
F0124.生物电子学与生物信息处理
结题年份:
2019
批准年份:
2015
项目状态:
已结题
项目参与者:
王兆、张玲、张贝贝、武剑、戴薇、干萍、谢宏梅、汤缓缓、史冰杰
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中文摘要
鉴定转录因子在细胞中的精确DNA靶点及靶基因,对于解析转录因子发挥其生理及病理作用的分子机制、筛查具有生物医学应用价值的DNA靶点和靶基因具有重要意义。ChIP-Seq技术是目前鉴定转录因子在细胞内DNA结合靶点最有效的方法,但该技术只能确定转录因子在基因组DNA中的大致结合位置,而不能鉴定其精确的DNA结合靶点。针对这一问题,本项目将发展ExoIII-ChIP-Seq新技术,并用其鉴定转录因子NF-κB在人肝癌细胞中的精确DNA结合靶点、绘制其高分辨率DNA结合谱,进而鉴定NF-κB在人肝癌细胞中的靶基因。本研究在构建NF-κB在肝癌中细胞中的靶基因调控网络、阐明NF-κB在人肝癌细胞中发挥其病理作用的分子机制、发现具有肝癌诊断及治疗价值的DNA靶点及靶基因方面具有重要意义。
英文摘要
Identification of the precise DNA targets and target genes of transcription factors in cells is important for elucidating the molecular mechanisms underline the physiological and pathological functions of transcription factors, and finding important DNA targets and target genes with a value of biomedical application. Chromatin immunoprecipitation-sequencing (ChIP-Seq) is the current most effective method for identifying the intracellular DNA-binding targets of transcription factors; however, this technique can determine the approximate binding location, but can’t identify the precise DNA binding targets of transcription factors in the genomic DNA. For this scientific problem, this project will develop a new ChIP-Seq technology based on exonuclease III (ExoIII), and identify the accurate DNA binding targets and build the high-resolution DNA binding profile of a important transcription factor, NF-κB, in the human hepatoma cells by using this technique. In combination with the genes whose expression can repond to the change of NF-κB activity in the human hepatoma cells identified by gene expression profiling techniques, this project will identified the target genes of the transcription factor in the human hepatoma cell. This project has the important significance in the construction of the target gene regulatory networks of NF-κB in the human hepatoma cells, elucidation of the molecular mechanisms underlying the pathological functions of NF-κB in the human hepatoma cells, and finding of the DNA targets and target genes with hepatoma diagnostic and therapeutic values.
鉴定转录因子在细胞中的精确DNA靶点及靶基因,对于解析转录因子发挥其生理及病理作用的分子机制、筛查具有生物医学应用价值的DNA靶点和靶基因具有重要意义。ChIP-Seq技术是目前鉴定转录因子在细胞内DNA结合靶点最有效的方法,但该技术只能确定转录因子在基因组DNA中的大致结合位置,而不能鉴定其精确的DNA结合靶点。针对这一问题,本项目将发展ExoIII-ChIP-Seq新技术,并用其鉴定转录因子NF-κB在人肝癌细胞中的精确DNA结合靶点、绘制其高分辨率DNA结合谱,进而鉴定NF-κB在人肝癌细胞中的靶基因。本研究在构建NF-κB在肝癌中细胞中的靶基因调控网络、阐明NF-κB在人肝癌细胞中发挥其病理作用的分子机制、发现具有肝癌诊断及治疗价值的DNA靶点及靶基因方面具有重要意义。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
The functional analysis of MicroRNAs involved in NF-kappa B signaling
参与 NF-kappa B 信号转导的 MicroRNA 的功能分析
DOI:--
发表时间:2016
期刊:European Review for Medical and Pharmacological Sciences
影响因子:3.3
作者:Yang Y.;Wang J. -K.
通讯作者:Wang J. -K.
Detection of target DNA with a novel Cas9/sgRNAs-associated reverse PCR (CARP) technique
使用新型 Cas9/sgRNA 相关反向 PCR (CARP) 技术检测目标 DNA
DOI:10.1007/s00216-018-0873-5
发表时间:2018-05-01
期刊:ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY
影响因子:4.3
作者:Zhang, Beibei;Wang, Qiao;Wang, Jinke
通讯作者:Wang, Jinke
DOI:10.1016/j.ab.2017.06.005
发表时间:2017-09-15
期刊:ANALYTICAL BIOCHEMISTRY
影响因子:2.9
作者:Xu,Xinhui;Zhang,Beibei;Wang,Jinke
通讯作者:Wang,Jinke
Detecting and typing target DNA with a novel CRISPR-typing PCR (ctPCR) technique
使用新型 CRISPR 分型 PCR (ctPCR) 技术检测目标 DNA 并进行分型
DOI:10.1016/j.ab.2018.09.012
发表时间:2018
期刊:Analytical Biochemistry
影响因子:2.9
作者:Zhang Beibei;Xia Qiang;Wang Qiao;Xia Xinyi;Wang Jinke
通讯作者:Wang Jinke
Control the intracellular NF-κB activity by a sensor consisting of miRNA and decoy
通过由 miRNA 和诱饵组成的传感器控制细胞内 NF-κB 活性
DOI:10.1016/j.biocel.2017.12.009
发表时间:2018
期刊:Int J Biochem Cell Biol.
影响因子:--
作者:Wang D;Tang H;Xu X;Dai W;Wu J;Wang J
通讯作者:Wang J
癌症新型cfDNA分子标记的SALP-seq-AI鉴定及PCR快速检测
- 批准号:62371126
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:49万元
- 批准年份:2023
- 负责人:王进科
- 依托单位:
基于CRISPR的基因调控元件及调控因子鉴定新技术
- 批准号:61971122
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:59.0万元
- 批准年份:2019
- 负责人:王进科
- 依托单位:
转录因子DNA结合谱绘制新方法及其应用研究
- 批准号:61171030
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:60.0万元
- 批准年份:2011
- 负责人:王进科
- 依托单位:
用dsDNA微阵列筛选NF-κB DNA靶点及靶基因
- 批准号:60871014
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:35.0万元
- 批准年份:2008
- 负责人:王进科
- 依托单位:
转录因子蛋白检测Uni-dsDNA微阵列芯片制备及应用研究
- 批准号:90408027
- 项目类别:重大研究计划
- 资助金额:30.0万元
- 批准年份:2004
- 负责人:王进科
- 依托单位:
转录因子蛋白检测dsDNA微阵列芯片研制
- 批准号:60471019
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:23.0万元
- 批准年份:2004
- 负责人:王进科
- 依托单位:
点突变dsDNA芯片研制及其在DNA结合蛋白研究中的应用
- 批准号:60201005
- 项目类别:青年科学基金项目
- 资助金额:7.0万元
- 批准年份:2002
- 负责人:王进科
- 依托单位:
国内基金
海外基金
