转录因子DNA结合谱绘制新方法及其应用研究
结题报告
批准号:
61171030
项目类别:
面上项目
资助金额:
60.0 万元
负责人:
王进科
依托单位:
学科分类:
F0124.生物电子学与生物信息处理
结题年份:
2015
批准年份:
2011
项目状态:
已结题
项目参与者:
李敏俐、刑宇俊、刘颖勋、杨洋、华文妤、陈莹、陈鸿飞、高婧、谷光明
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中文摘要
本研究将传统指数富集配基系统进化(SELEX)与先进的第三代DNA高通量测序技术相结合,形成SELEX-seq新技术;用该技术高效绘制细胞重编程相关转录因子(如Oct4、Sox2、c-Myc、Nanog等)的DNA结合谱(DNA-binding profile,DBP),并以此指导该类转录因子全基因组DNA靶点(TFBS)及靶基因的预测及鉴定,进而构建转录因子操纵的基因转录调控网络,深度揭示该类转录因子操控细胞重编程的分子机理。基本研究路线是:设计合成k-mer随机序列寡核苷酸,用凝胶迁移实验或免疫沉淀对寡核苷酸进行SELEX筛选,获得富集分子,再用DNA高通量测序技术(如Solexa)测定富集分子的序列,根据序列及频率信息,绘制DBP;通过全基因组的DBP扫描,预测出TFBS及靶基因,进一步大规模实验鉴定预测的靶基因;最后根据鉴定的靶基因构建细胞重编程转录因子操纵的靶基因转录调控网络。
英文摘要
本研究将传统指数富集配基系统进化(SELEX)与先进的第三代DNA高通量测序技术相结合,形成SELEX-seq新技术;用该技术高效绘制细胞重编程相关转录因子(如Oct4、Sox2、c-Myc、Nanog等)的DNA结合谱(DNA-binding profile,DBP),并以此指导该类转录因子全基因组DNA靶点(TFBS)及靶基因的预测及鉴定,进而构建转录因子操纵的基因转录调控网络,深度揭示该类转录因子操控细胞重编程的分子机理。基本研究路线是:设计合成k-mer随机序列寡核苷酸,用凝胶迁移实验或免疫沉淀对寡核苷酸进行SELEX筛选,获得富集分子,再用DNA高通量测序技术(如Solexa)测定富集分子的序列,根据序列及频率信息,绘制DBP;通过全基因组的DBP扫描,预测出TFBS及靶基因,进一步大规模实验鉴定预测的靶基因;最后根据鉴定的靶基因构建细胞重编程转录因子操纵的靶基因转录调控网络。
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专利列表
Effects of 2,3-Dimercaptosuccinic Acid-Coated Fe3O4 Nanoparticles on Genes in Two Mouse Cell Lines
2,3-二巯基丁二酸包覆的 Fe3O4 纳米粒子对两种小鼠细胞系基因的影响
DOI:10.1166/jbn.2014.1843
发表时间:2014-08-01
期刊:JOURNAL OF BIOMEDICAL NANOTECHNOLOGY
影响因子:2.9
作者:Liu, Yingxun;Zou, Jinglu;Wang, Jinke
通讯作者:Wang, Jinke
DOI:--
发表时间:2013
期刊:遗传
影响因子:--
作者:凌小倩;王进科
通讯作者:王进科
DMSA-Coated Iron Oxide Nanoparticles Greatly Affect the Expression of Genes Coding Cysteine-Rich Proteins by Their DMSA Coating
DMSA 涂层氧化铁纳米颗粒通过其 DMSA 涂层极大地影响编码富含半胱氨酸的蛋白质的基因表达
DOI:--
发表时间:2015
期刊:Chemical Research in Toxicology
影响因子:4.1
作者:Wang, Xin;Zou, Jinglu;Liu, Yingxun;Wang, Jinke
通讯作者:Wang, Jinke
Characterization of genome-wide binding of NF-kappa B in TNF alpha-stimulated HeLa cells
TNF α 刺激的 HeLa 细胞中 NF-κ B 全基因组结合的表征
DOI:--
发表时间:2013
期刊:Gene
影响因子:3.5
作者:Xing, Yujun;Yang, Yang;Zhou, Fei;Wang, Jinke
通讯作者:Wang, Jinke
NF-kappa B target microRNAs and their target genes in TNF alpha-stimulated HeLa Cells
NF-kappa B 靶向 TNF α 刺激的 HeLa 细胞中的 microRNA 及其靶基因
DOI:--
发表时间:2014
期刊:Biochimica et Biophysica Acta-Gene Regulatory Mechanisms
影响因子:4.7
作者:Xing, Yujun;Wang, Tingting;Xu, Xinhui;Wang, Jinke
通讯作者:Wang, Jinke
癌症新型cfDNA分子标记的SALP-seq-AI鉴定及PCR快速检测
  • 批准号:
    62371126
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    49万元
  • 批准年份:
    2023
  • 负责人:
    王进科
  • 依托单位:
基于CRISPR的基因调控元件及调控因子鉴定新技术
  • 批准号:
    61971122
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    59.0万元
  • 批准年份:
    2019
  • 负责人:
    王进科
  • 依托单位:
细胞内转录因子高分辨率DNA结合靶点鉴定新技术的发展及其应用研究
  • 批准号:
    61571119
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    65.0万元
  • 批准年份:
    2015
  • 负责人:
    王进科
  • 依托单位:
用dsDNA微阵列筛选NF-κB DNA靶点及靶基因
  • 批准号:
    60871014
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    35.0万元
  • 批准年份:
    2008
  • 负责人:
    王进科
  • 依托单位:
转录因子蛋白检测Uni-dsDNA微阵列芯片制备及应用研究
  • 批准号:
    90408027
  • 项目类别:
    重大研究计划
  • 资助金额:
    30.0万元
  • 批准年份:
    2004
  • 负责人:
    王进科
  • 依托单位:
转录因子蛋白检测dsDNA微阵列芯片研制
  • 批准号:
    60471019
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    23.0万元
  • 批准年份:
    2004
  • 负责人:
    王进科
  • 依托单位:
点突变dsDNA芯片研制及其在DNA结合蛋白研究中的应用
  • 批准号:
    60201005
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    7.0万元
  • 批准年份:
    2002
  • 负责人:
    王进科
  • 依托单位:
国内基金
海外基金