用dsDNA微阵列筛选NF-κB DNA靶点及靶基因

本研究运用我们发展的发卡引物在片延伸技术制备含有连续碱基突变的双链DNA 微阵列芯片[MS-dsDNA microarray],考察转录因子NF-κB与众多突变DNA位点的相互作用，筛选出对NF-κB 具有较高亲合性的DNA 位点；再通过对人全基因组序列的扫描，确定这些位点在基因组中的分布图谱（profile）,预测其为基因组中NF-κB 的假定结合位点（putative binding sites，PBS）；并将这些PBS上下文中分布的基因预测为NF-κB的假定靶基因（target genes）；最后通过文献检索和实验验证，鉴定新的NF-κB 功能性（functional）结合靶点和靶基因，构建NF-κB 控制的基因转录调控网络（transcriptional regulatory network），描绘NF-κB 的完整生物学全貌，为NF-κB的生物医学应用提供科学依据。