中国是世界上稻种资源最丰富的国家，尤其是一些地方特色稻种资源极为丰富，其稻米品质性状的变异也极为多样。深入挖掘稻米品质形成相关的优异等位基因资源对于水稻品质改良具有重要意义。淀粉是水稻胚乳中的最主要成分，其组成与结构是决定稻米品质及其加工应用性能的最重要因素。本研究重点围绕稻米淀粉品质相关基因的功能及其等位性变异开展了较为深入与系统的研究，取得了较为突出的研究成果。已发表论文13篇、其中SCI论文7篇，申请发明专利1项，培养博硕士研究生6名。.以现有栽培品种以及云南和江苏等地收集的特色地方稻种资源为研究对象，采用重测序、基因内分子标记检测等技术较为深入地分析了淀粉合成相关基因位点上的等位性变异，基本明确了SSSI、Sbe1、Sbe3等淀粉合成重要基因在水稻栽培种中的变异类型及其组合情况。根据重要淀粉合成相关基因的等位变异，借助于基因内分子标记，创建了一系列近等基因系，目前已至BC9-BC10代，已选育了部分含纯合基因型的近等基因系，已对大多数近等基因系进行了效应分析，初步明确了各基因等位变异的效应。从基因结构与变异、转基因、近等基因系等角度较为详细地研究了与支链淀粉合成相关的5个相关基因(SSSI、Sbe1、Sbe3、PUL、ISA）的等位变异及其效应，初步明确了这些基因及其变异在稻米品质形成中的作用，为稻米品质改良提供了重要的基因资源与技术途径。 在本项目的研究基础上，又开展了与本项目密切相关的水稻淀粉及其他胚乳贮藏成分如维生素和必需氨基酸等代谢的相关机理研究，包括参与胚乳淀粉合成相关转录因子OsWRKY78的功能研究、维生素E在水稻种质中的变异以及利用染色体片段代换系定位淀粉粘滞性相关QTL等的研究，为进一步研究并解析稻米品质性状形成及其变异机制奠定了一定的基础。