GRK5基因区域与2型糖尿病相关的功能性位点的研究
批准号:
81471013
项目类别:
面上项目
资助金额:
80.0 万元
负责人:
黎怀星
依托单位:
学科分类:
H0708.糖尿病
结题年份:
2018
批准年份:
2014
项目状态:
已结题
项目参与者:
王一钦、朱静文、胡瑶、姚庞、刘刚、金倩璐
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中文摘要
我们通过GWAS发现GRK5-rs1088647是一个新的2型糖尿病遗传易感位点,但是其作用机制尚不清楚。本项目将通过生物信息学的方法和一些公共数据库的数据,筛选出该基因区域的潜在功能性SNP位点(位于增强子序列内的转录因子结合位点或者甲基化位点上),然后采用"基因特异性的基因表达分析"和"基因特异性的DNA甲基化分析"等研究手段分析从这些潜在的功能性SNP位点中筛选出真正影响基因表达的功能性位点。最后采用报告基因分析和EMSA等实验手段在3T3-L1前脂肪细胞系内进行验证研究,并分析这些SNP位点是否会影响特点转录因子结合位点与转录因子的结合能力。该项目的研究不仅可以阐明GRK5-rs10886671位点影响基因转录表达的机制,而且也将为证明GRK5是一个2型糖尿病基因提供更为直接的证据。
英文摘要
e identified GRK5-rs10886471 as a novel type 2 diabetes locus, which confers type 2 diabetes risk by altering expression of GRK5 gene, and subsequently deceasing insulin sensitivity. However, mechanism by which RK5-rs10886471 affects gene expression remains unknown. In this study, the SNP with potential cis-regulatory function will be selected through fine mapping and searching into public databases including ENCODE and Roadmap. From which a functional cis-regulatory variant will be identified by further performing allele-specific gene expression analysis and allele-specific DNA methylation analysis in human adipose tissues. All findings in human adipose tissue will be validated in 3T3-L1 preadipocyte cell line using luciferase reporter gene assay and EMSA assay. The results of this study will not only clarify mechanism by which GRK5-rs10886471 affect expression of GRK5 gene, but also provide direct evidence that GRK5 is a type 2 diabetes gene.
我们通过GWAS 发现GRK5-rs1088647 是一个新的2 型糖尿病遗传易感位点,但是其作用机制尚不清楚。本项目通过生物信息学的方法和一些公共数据库的数据,筛选出4个SNP位点与rs1088647之间存在强连锁不平衡关系,其中的三个SNP位点为CpG-SNP位点。人群脂肪组织样本分析结果表明,其中的一个CpG-SNP位点rs4752305不仅能显著影响其自身的甲基化水平,而且还显着影响其附近CpG序列的甲基化程度,并与人群中GRK5基因的mRNA表达水平之间存在显著相关。体外等位基因特异性的基因表达分析结果表明,rs4752305能显着影响报告基因在体外培养的3T3-L1细胞内的表达。这些结果说明rs4752305似乎是驱动rs10886471与2型糖尿病关联关系的功能性位点。此外,CA重复序列的CA_11等位基因能显着影响基因的转录表达水平,并与糖尿病及其相关性状之间存在显着的关联关系。但是该等位基因是否是通过影响RNA剪接进而影响GRK5基因表达的尚不清楚。该项目的研究不仅可以阐明GRK5-rs10886671 位点影响基因转录表达的机制,而且也将为证明GRK5 是一个2 型糖尿病基因提供更为直接的证据。
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专利列表
Coding-sequence variants are associated with blood lipid levels in 14,473 Chinese
编码序列变异与 14,473 名中国人的血脂水平相关
DOI:10.1093/hmg/ddw261
发表时间:2016
期刊:Hum Mol Genet.
影响因子:--
作者:Xiangfeng Lu;Jun Li;Huaixing Li;Yang Chen;Laiyuan Wang;Meian He;Yiqin Wang;Liang Sun;Yao Hu;Jianfeng Huang;Feijie Wang;Xuezhen Liu;Shufeng Chen;Kuai Yu;Xueli Yang;Zengnan Mo;Xu Lin;Tangchun Wu;Dongfeng Gu
通讯作者:Dongfeng Gu
Linking of metabolomic biomarkers with cardiometabolic health in Chinese population
中国人群代谢组生物标志物与心脏代谢健康的联系
DOI:10.1111/1753-0407.12858
发表时间:2018-10
期刊:J Diabetes
影响因子:--
作者:Liang Sun;Huaixing Li;Xu Lin
通讯作者:Xu Lin
Erythrocyte PUFAs, circulating acylcarnitines, and metabolic syndrome risk: a prospective study in Chinese[S]
红细胞多不饱和脂肪酸、循环酰基肉碱和代谢综合征风险:一项中国前瞻性研究
DOI:10.1194/jlr.p088005
发表时间:2019-02-01
期刊:JOURNAL OF LIPID RESEARCH
影响因子:6.5
作者:Ma, Yiwei;Sun, Liang;Lin, Xu
通讯作者:Lin, Xu
Effects of Genetic and Nongenetic Factors on Total and Bioavailable 25(OH)D Responses to Vitamin D Supplementation
遗传和非遗传因素对补充维生素 D 的总 25(OH)D 和生物利用度 25(OH)D 反应的影响
DOI:10.1210/jc.2016-2930
发表时间:2017-01-01
期刊:JOURNAL OF CLINICAL ENDOCRINOLOGY & METABOLISM
影响因子:5.8
作者:Yao, Pang;Sun, Liang;Lin, Xu
通讯作者:Lin, Xu
Associations of Plasma Amino Acid and Acylcarnitine Profiles with Incident Reduced Glomerular Filtration Rate
血浆氨基酸和酰基肉碱谱与肾小球滤过率降低事件的关联
DOI:10.2215/cjn.07650717
发表时间:2018
期刊:Clin J Am Soc Nephrol
影响因子:--
作者:Feijie Wang;Liang Sun;Qi Sun;Liming Liang;Xianfu Gao;Rongxia Li;An Pan;Huaixing Li;Yueyi Deng;Frank B. Hu;Jiarui Wu;Rong Zeng;Xu Lin
通讯作者:Xu Lin
在中国汉族人群内Gc-rs4588变异对血浆25-羟基维生素D浓度的影响及其潜在机理的研究
- 批准号:81170734
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:70.0万元
- 批准年份:2011
- 负责人:黎怀星
- 依托单位:
PGC-1基因的单核苷酸多态性与2型糖尿病的遗传关联研究
- 批准号:30571562
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:30.0万元
- 批准年份:2005
- 负责人:黎怀星
- 依托单位:
国内基金
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