新型单链环状DNA病毒Gemykibivirus的病原特征和分子进化研究
批准号:
31900158
项目类别:
青年科学基金项目
资助金额:
23.0 万元
负责人:
李龑鹏
依托单位:
学科分类:
病毒学
结题年份:
2022
批准年份:
2019
项目状态:
已结题
项目参与者:
中文摘要
Genomoviridae是一类有高多样性且来源广泛的小型环状单链DNA病毒,前期研究发现该类病毒在多种病例中出现。我们基于病毒宏基因组分析,首次报道了一个潜在的引起疾病的单链环状DNA病毒(GemyCN-GZ1),与发现于未知病因的人脑脊液和粪便样本中的几株病毒遗传关系接近;预实验显示该病毒具有一定的体外感染复制能力,这也暗示该病毒可能是能够对人进行潜在感染的新型病毒。目前该类病毒的病原特征如流行病学特点、感染复制能力和系统进化关系等仍是空白,因此我们将首先研究它的流行情况,进一步建立该病毒与疾病间的关系和风险;分析它与Gemykibivirus病毒的进化关系以及该类病毒在病例中的多样性特征,并通过基因进化特点研究其潜在传播风险以及与疾病的相关性;最后通过体外分离培养研究病毒的感染复制能力。本项目对进一步明确该病原的特点以及与疾病的关系有重要的基础和公共卫生意义。
英文摘要
Genomoviridae is a small circular single-stranded DNA virus with high diversity and wide source. Previous studies have found that this kind of virus appears in many cases, suggesting its potential risk of transmission and pathogenicity. Based on viral metagenomic analysis, we report for the first time a single-stranded cyclic DNA virus (GemyCN-GZ1) which can potentially cause human diseases (respiratory and brain infections). It is close genetically related to several viruses found in a few samples of human cerebrospinal fluid and feces with unknown etiology. Pre-experiments also showed that the virus had a certain ability to replicate in vitro infection, suggesting that the virus may be a new type of virus that can potentially infect people. Until now, the pathogenic characteristics of the virus, such as epidemiological characteristics, infectious replication ability and phylogenetic relationship, are still blank. Therefore, we will determine its epidemic situation in specific cases and further establish the relationship and risk between the virus and the disease. At the same time, we will analyze the evolutionary relationship between this virus and other Gemykibivirus and the diversity of Gemykibivirus in patients, through the evolutionary characteristics of genes we will determine the potential transmission risk of the virus and its correlation with diseases. Finally, the ability and mechanism of infection and replication of the virus were studied by in vitro isolation and culture. This project has important basic and public health significance for further clarifying the characteristics of the pathogen and its relationship with diseases.
我们前期首次在重症肺炎患者以及脑炎儿童样本中发现human gemykibivirus 2(HuGV2),该病毒与为数不多的发现于人相关病例样本中的几株病毒非常接近,暗示了该病毒可能是一类潜在感染人的新病毒。基于前期的基础,本项目针对GemyCN-GZ1这一潜在的新病原,研究了它在相关人群中的流行特点并分析其与临床疾病之间的关联,分析该病毒以及其它相关gemykibivirus病毒的基因流行进化特点,最后研究这一病毒的感染复制能力和机制。研究发现在普通呼吸道感染的鼻咽拭子中并没有发现该病毒;在儿童感染脑炎的脑脊液相关样本中阳性率为32.2%;在HIV-1感染的MSM人群中阳性率为35.5%。该结果表明HuGV2可能具有一定的地域和人群相关性。重症肺炎患者而非普通呼吸道感染、脑部感染以及HIV感染的风险人群检测到病毒存在暗示了该类病毒可能与宿主的机体免疫状态有关,低免疫水平可能有机会性感染情况的存在。来自不同地域的HuGV2序列之间具有非常接近的遗传相似度(98%左右),并且与来自Genomoviridae的其它病毒具有明显独立的进化分支,表明检测于人疾病相关样本的这些病毒具有独立的遗传进化关系。我们发现这一进化分支可能属于一大类具有极大的遗传多样性CRESS的环状病毒。最后,通过构建感染性克隆和体外拯救,我们研究了该病毒的体外复制情况,结果表明该病毒在呼吸道上皮细胞复制能力最高,病毒颗粒大小25-35nm左右,并主要病毒亚细胞定位于胞质中。此外我们研究证明该病毒基因组主要环状的编码负义链的单链的基因组,通过滚环复制模式进行复制。该项目对前期发现的潜在病原HuGV2进行了流行率筛查,分子进化以及体外感染复制等研究,结果进一步研究其遗传进化历史、病毒的致病机制提供了重要基础。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
Astrovirus Outbreak in an Animal Shelter Associated With Feline Vomiting.
动物收容所爆发星状病毒,与猫呕吐有关
DOI:
10.3389/fvets.2021.628082
发表时间:
2021
期刊:
Frontiers in veterinary science
影响因子:
3.2
作者:
[Li Y, Gordon E, Idle A, Hui A, Chan R, Seguin MA, Delwart E]
通讯作者:
Delwart E
CrAssphage and its bacterial host in cat feces.
猫粪便中的 CrAssphage 及其细菌宿主
DOI:
10.1038/s41598-020-80076-9
发表时间:
2021-01-12
期刊:
Scientific reports
影响因子:
4.6
作者:
[Li Y, Gordon E, Shean RC, Idle A, Deng X, Greninger AL, Delwart E]
通讯作者:
Delwart E
SIV猕猴感染模型中共生病毒组的演化特征及其参与AIDS进展的机制研究
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批准号:32370153
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项目类别:面上项目
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资助金额:50万元
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批准年份:2023
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负责人:李龑鹏
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依托单位:
国内基金
海外基金