为弥补传统形态分类方法的不足，探究应用DNA条形码技术进行生物分子鉴定的可行性，本项目应用DNA条形码技术对青海省不同地理亚区小兽及体表寄生蚤进行分类鉴定、物种多样性和鼠疫防治等方面的研究和探索。主要研究结果如下：1.本研究共测得小兽3目7科21属30种计403条COI基因部分序列，小兽种内遗传距离0.01-2.9%，种间遗传距离4-14%，属间遗传距离15-21%，科间遗传距离22-25%；2.本研究共测得蚤类3总科6科22属43种计197条COI基因部分序列，蚤类种内遗传距离0.01-2.9%，种间遗传距离4-12%，属间遗传距离13-20%，科间遗传距离21-29%；3.小兽和蚤类的COI基因序列种间遗传距离显著大于种内遗传距离，构建的NJ树显示同一物种均形成高支持率的单系，种间分支很明显，说明线粒体CO1基因是一个有效的DNA条形码标准基因，现阶段物种鉴定应是传统形态分类和DNA条形码技术有机地结合，两者相辅相成，互为佐证；4.首次提出将DNA条形码技术应用于鼠疫自然疫源地主要宿主及媒介蚤种的分类鉴定研究，并修正了现场分类鉴定的部分错误，鉴定和描述省内新记录2种（黄胸鼠、二齿新蚤）。建立了青海鼠疫疫源地宿主动物和传播媒介的快速鉴定方法，对鼠疫流行病学调查、疫情处置等工作有较大实用价值。