动脉粥样硬化是大部分心血管病的病理学基础，目前研究的共识是动脉粥样硬化生物标志物和心血管病明显相关。研究新的动脉粥样硬化生物标记物及其分子机制具有重要的科学研究意义和临床应用价值。项目自2011年利用蛋白质组学技术系统对动脉粥样硬化分子标记物进行了研究探索，经过三年的努力，项目组(1)功能化质谱样品靶板，实现了选择性吸附和特异性检测，很好地与二维电泳技术进行互补，进行了血清蛋白检测鉴定的有益探索。但是利用ITC技术检测生物分子相互作用效果不甚稳定，课题组也对技术体系进行了相应调整；(2)首次发现证明了动脉粥样硬化患者血清循环miR-135b-5p和miR-499a-3p异常上调，并解释了循环miR-135b-5p和miR-499a-3p靶向进入内皮细胞共同调节MEF2C基因表达，促进内皮细胞迁移导致粥样硬化的分子机制。在此研究基础上，又陆续对miR-302f、miR-138-1-3p作为动脉粥样硬化分子标记物的可能性进行了补充研究；（3）利用课题组发展优化的蛋白质组学技术体系对比分析动脉粥样硬化患者和正常人血清蛋白质组图谱差异，在克服大量技术细节难点后，首次发现血清蛋白CDK9具有动脉粥样硬化血清标记物特性，并探索了其免疫机制导致粥样硬化的分子机制。项目研究结果为明确新的动脉粥样硬化生物标记物及相关发病机制的深入研究提供了有价值的研究基础和科学线索。