为回答文昌鱼是否具有与脊椎动物相似的嗅觉系统以及文昌鱼嗅觉系统分布在什么部位等问题，我们开展了本项目的研究。比较基因组分析发现文昌鱼具有所有参与脊椎动物MOE (main olfactory epithelium) 嗅觉系统相关的主要基因，其中包括约60个OR基因、1个CNGA基因、一个CNGB基因和一个Golf基因等。系统聚类暗示文昌鱼OR基因由至少10个家族构成，其中家族I成员数目最多，且在不同文昌鱼间存在较大分化。相反，其他家族成员则多由1-2个成员组成，部分家族的起源可以追述到鳃口文昌鱼属和偏殖文昌鱼属分化之前（约240 Mya）。利用原位杂交技术，我们进一步对OR6146、CNGA、CNGB和Golf等基因在文昌鱼胚胎发育期的表达谱进行分析，发现前三个基因特异表达于文昌鱼胚胎脑泡区域，Golf也在相应区域大量表达。以上结果暗示，文昌鱼具有与脊椎动物相似的MOE嗅觉系统，且该系统很可能位于文昌鱼脑泡中。