基于核心家系的全外显子测序鉴定遗传性多发性骨软骨瘤新致病基因
结题报告
批准号:
81201353
项目类别:
青年科学基金项目
资助金额:
23.0 万元
负责人:
王剑
依托单位:
学科分类:
H2605.分子生物学检验
结题年份:
2015
批准年份:
2012
项目状态:
已结题
项目参与者:
李玉婵、杨海鸥、陈轶珏、郑昭璟、姚如恩
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中文摘要
遗传性多发性骨软骨瘤(HME)是一种常染色体显性遗传性骨骼发育异常疾病,属于良性骨肿瘤,但部分患者可恶变为软骨肉瘤。课题组前期建立了已知致病基因EXT1、EXT2的基因突变筛查方法,并成功应用于临床检测。但仍约有9%(4/45)的HME家系在已知致病基因中未找到病理性基因突变位点,提示可能存在新的致病基因。本项目拟以EXT1、EXT2基因突变筛查阴性的HME家系为研究对象,利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉、富集后运用Illumina Hiseq测序平台进行高通量测序,并采用基于核心家系的生物信息学分析方法发掘和鉴定新致病基因。从而发现新的检测靶点,进一步完善HME的基因诊断方法。本研究将为HME的分子诊断和遗传咨询提供实验依据,并为进一步阐明分子发病机制及治疗药物的研发奠定基础。
英文摘要
One of the most common hereditary skeletal dysplasias, hereditary multiple exostoses (HME), is an autosomal dominant disorder characterized by the growth of cartilage-capped benign bone tumours around areas of active bone growth. A person with HME has an increased risk of developing a rare form of bone cancer called chondrosarcoma as an adult. In a previous study we developed a method to detect known pathogenic gene (EXT1、EXT2) mutations in HME, and successfully used this in clinical genetic testing. However, these mutations were not detected in approximately 9% (4/45) pedigrees with HME. The results suggested that unknown novel pathogenic gene(s) may be associated with HME. In this study, we will select HME pedigrees with negative EXT1 and EXT2 mutations. We intend to capture and sequence all the coding regions with Agilent SureSelect Human All Exon Kit and Illumina Hiseq sequencing platform. Sequencing data will be analyzed using NextGENe, GATK software and a variety of bioinformatic programs will be used to evaluate the functional significance of identified variants, followed by evaluation of clinical significance according to the phenotypes of family members. The potential list of novel HME genes will be further verified in the other family members and 200 controls, hoping to eventually identify true novel pathogenic gene(s) for HME. The finding of this project may lead to the discovery of new genetic biomarker(s) and help to further improve the genetic diagnosis of HME. These results will provide the experimental basis for molecular diagnosis and genetic counseling in HME, and establish the foundation for clarify the molecular pathogenesis of HME and the development of new therapeutic drugs.
遗传性多发性骨软骨瘤(HME)是一种常染色体显性遗传性骨骼发育异常疾病,属于良性骨肿瘤,但部分患者可恶变为软骨肉瘤。课题组前期建立了已知致病基因EXT1、EXT2的基因突变筛查方法,并成功应用于临床检测。但仍约有9%(4/45)的HME家系在已知致病基因中未找到病理性基因突变位点,提示可能存在新的致病基因。. 本研究项目以EXT1、EXT2基因突变筛查阴性的HME家系为研究对象,利用Agilent Sureselect ExomeV4序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉、富集后运用Illumina Hiseq2500测序平台进行高通量测序,并采用基于核心家系的生物信息学分析方法发掘和鉴定新致病基因。. 我们的研究工作成功地利用全外显子组测序在3个EXT1/EXT2突变阴性的HME家系中鉴定了一个新的与HME相关的候选致病基因TBXAS1基因。TBXAS1基因在成骨细胞、破骨细胞及软骨细胞均有表达,其突变可抑制成熟破骨细胞的生成进而导致骨密度增加。体外功能实验结果表明在斑马鱼中下调Tbxas1基因表达后可导致其软骨细胞形态和排列异常,这些提示TBXAS1基因参与软骨的发育进程。. 本研究发现了HME新的检测靶点,并进一步完善HME的基因诊断方法。本研究结果为HME的分子诊断和遗传咨询提供了更充分的实验依据,并为进一步阐明分子发病机制及治疗药物的研发奠定基础。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
DOI:10.1371/journal.pone.0065676
发表时间:2013-06-06
期刊:PLOS ONE
影响因子:3.7
作者:Wang, Jian;Yu, Tingting;Fu, Qihua
通讯作者:Fu, Qihua
DOI:10.1016/j.cca.2015.03.019
发表时间:2015-06-15
期刊:CLINICA CHIMICA ACTA
影响因子:5
作者:Wang, Jian;Wang, Zhigang;Zhang, Qinghua
通讯作者:Zhang, Qinghua
A New Subtype of Multiple Synostoses Syndrome Is Caused by a Mutation in GDF6 That Decreases Its Sensitivity to Noggin and Enhances Its Potency as a BMP Signal.
多发性骨结合综合征的一种新亚型是由 GDF6 突变引起的,该突变降低了其对 Noggin 的敏感性并增强了其作为 BMP 信号的效力
DOI:10.1002/jbmr.2761
发表时间:2016-04
期刊:Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
影响因子:--
作者:Wang J;Yu T;Wang Z;Ohte S;Yao RE;Zheng Z;Geng J;Cai H;Ge Y;Li Y;Xu Y;Zhang Q;Gusella JF;Fu Q;Pregizer S;Rosen V;Shen Y
通讯作者:Shen Y
DOI:--
发表时间:2014
期刊:Clin Chem.
影响因子:--
作者:Wang Jian;Shen Yiping;
通讯作者:
KMT2A基因突变通过DNMT3靶向调控GBP2导致神经发育障碍的机制研究
  • 批准号:
    82371867
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    49.00万元
  • 批准年份:
    2023
  • 负责人:
    王剑
  • 依托单位:
中心体家族成员CEP295基因突变通过ATM/ATR信号通路导致原发性小头畸形的致病机制研究
  • 批准号:
    82071660
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    55万元
  • 批准年份:
    2020
  • 负责人:
    王剑
  • 依托单位:
KRT26基因突变导致一种新型脊柱发育不全的致病机制研究
  • 批准号:
    81772303
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    60.0万元
  • 批准年份:
    2017
  • 负责人:
    王剑
  • 依托单位:
GDF6基因突变导致多发性骨性连接综合征的致病机制研究
  • 批准号:
    81472051
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    72.0万元
  • 批准年份:
    2014
  • 负责人:
    王剑
  • 依托单位:
国内基金
海外基金