狼是与人类关系密切的野生食肉动物。开展种群遗传学和亲缘地理学研究，分析狼的种群多样性特征和种群分布格局，了解中国狼的种群历史和生存现状，探讨其长期生存及延续后代的能力，是本项目所关注的科学问题。.项目组选取了蒙古和中国的内蒙古、新疆、青海、西藏、东北等代表性地理种群为研究对象，主要通过非损伤取样的方法采集了实验样品，应用群体遗传学和分子生态学的方法开展实验研究。研究内容和主要成果如下：.首先，以线粒体 DNA（Mitochondrial DNA，mtDNA）为分子标记，对中国狼mtDNA 控制区第一高变区（HVR I）及细胞色素 b（Cyt b）部分序列进行扩增测序及分析，并与世界其他国家和地区的灰狼进行比较，开展了分子系统地理学研究。通过构建单倍型系统发育树和单倍型网络结构图，将中国狼划分为两个世系，青海、西藏种群构成一个世系，分化时间较早；内蒙古、东北、新疆种群构成一个世系，这一世系又可以划分为两个分支，其中新疆种群为一支，另一分支为内蒙古、东北种群。基于HVR I单倍型序列和Cyt b单倍型序列计算不同地理种群之间的遗传分化指数及基因流发现：青海、西藏两个种群与内蒙古、新疆、东北种群之间遗传分化指数较大，几乎不存在基因流。基于Cyt b部分序列计算种群分歧时间，青海、西藏种群与内蒙古、新疆、东北种群的分歧时间大约在1.125~1.275 MYA，推测可能与青藏高原隆起（0.9~1.1 MYA）及气候变化有关。.其次，项目组扩增了上述地区的灰狼的MHCⅡ基因DQA1、DRB1、DQB1基因启动子和第二外显子的序列，对MHCⅡ基因启动子及第二外显子进行了遗传变异分析，揭示了中国狼的MHCⅡ基因的多样性及其进化机制。.第三，项目组对分布于中国青海省的野生狼MHC I基因家族进行测序，得到了DLA-88、DLA-12、DLA-79和DLA-64的基因序列。对MHC经典Ⅰ类基因和非经典Ⅰ类基因的多态性进行了群体遗传学分析，发现青海狼的MHCⅠ类基因接受了自然选择压力而存在正选择。.最后，项目组以现有数据为基础，从保护遗传学角度，建议将新疆种群作为一个独立的进化显著单元（ESU），将内蒙古、东北种群作为一个独立的ESU，将青海、西藏种群作为一个独立的ESU进行管理和保护。