Comprehensive analysis of SSRs and database construction using all complete gene-coding sequences in major horticultural and representative plants.
Comprehensive analysis of SSRs and database construction using all complete gene-coding sequences in major horticultural and representative plants.
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主要园艺及代表性植物全部完整基因编码序列的SSR综合分析及数据库构建
DOI：
10.1038/s41438-021-00562-7
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发表时间：
2021-06-01
影响因子：
8.7
通讯作者：
Ma X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Song X;Yang Q;Bai Y;Gong K;Wu T;Yu T;Pei Q;Duan W;Huang Z;Wang Z;Liu Z;Kang X;Zhao W;Ma X
简单序列重复（SSR）是最重要的遗传标记之一，广泛存在于大多数物种中。在这里，我们从 112 种植物的 3,951,919 个基因中鉴定出了 249,822 个 SSR。然后，我们对这些SSR进行了综合分析，并构建了植物SSR数据库（PSSRD）。有趣的是，在低等植物中发现的SSR比在高等植物中更多，这表明低等植物需要适应早期的极端环境。当与其他七种高等植物进行比较时，在低等植物莱茵衣藻中检测到四个特定的丰富功能术语。此外，低等植物中Guanylate_cyc的存在量多于高等植物。在我们的PSSRD中，我们在图表界面构建了交互式绘图功能，用户可以轻松查看SSR的详细信息。所有 SSR 信息，包括序列、引物和注释，都可以从我们的数据库下载。此外，我们还开发了Web SSR Finder和Batch SSR Finder工具，可以轻松用于识别SSR。我们的数据库是使用 PHP、HTML、JavaScript 和 MySQL 开发的，这些数据库可以在 http://www 上免费获得。 pssrd。信息/。我们对 Myb 基因家族和开花基因进行了分析，作为 PSSRD 的两个应用。进一步分析表明，全基因组重复和全基因组三倍在Myb基因家族的扩展中发挥了重要作用。我们数据库中的这些SSR标记将极大地促进未来的比较基因组学和功能基因组学研究。
Simple sequence repeats (SSRs) are one of the most important genetic markers and widely exist in most species. Here, we identified 249,822 SSRs from 3,951,919 genes in 112 plants. Then, we conducted a comprehensive analysis of these SSRs and constructed a plant SSR database (PSSRD). Interestingly, more SSRs were found in lower plants than in higher plants, showing that lower plants needed to adapt to early extreme environments. Four specific enriched functional terms in the lower plant Chlamydomonas reinhardtii were detected when it was compared with seven other higher plants. In addition, Guanylate_cyc existed in more genes of lower plants than of higher plants. In our PSSRD, we constructed an interactive plotting function in the chart interface, and users can easily view the detailed information of SSRs. All SSR information, including sequences, primers, and annotations, can be downloaded from our database. Moreover, we developed Web SSR Finder and Batch SSR Finder tools, which can be easily used for identifying SSRs. Our database was developed using PHP, HTML, JavaScript, and MySQL, which are freely available at http://www. pssrd. info/. We conducted an analysis of the Myb gene families and flowering genes as two applications of the PSSRD. Further analysis indicated that whole-genome duplication and whole-genome triplication played a major role in the expansion of the Myb gene families. These SSR markers in our database will greatly facilitate comparative genomics and functional genomics studies in the future.
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