RDP3: a flexible and fast computer program for analyzing recombination.
RDP3: a flexible and fast computer program for analyzing recombination.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq467
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发表时间：
2010-10-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lefeuvre P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Martin DP;Lemey P;Lott M;Moulton V;Posada D;Lefeuvre P
摘要：RDP3 是 RDP 程序的新版本，用于表征 DNA 序列比对中的重组事件。除其他新颖之处外，该版本还包括四种新的重组分析方法（3SEQ、VISRD、PHYLRO 和 LDHAT）、重组热点的新测试、一系列用于可视化数据集中重组整体模式的矩阵方法以及重组感知祖先序列重建。作为高度分析流程自动化的补充，RDP3 还具有高度交互且详细的图形用户界面，可通过各种新实施的系统发育树构建和基于矩阵的重组信号可视化方法，对结果进行更集中的实际交叉检查。新的RDP3可以容纳大型数据集，并且能够在桌面PC上在48小时内分析大小从1000×10千碱基序列到20×2兆碱基序列的比对。可用性：RDP3 可从其网站 http://darwin.uvigo.es/rdp/rdp.html 免费获取 联系方式：darrenpatrickmartin@gmail.com 补充信息：RDP3 程序手册包含其实现的各种方法的详细说明以及描述如何最好地使用这些方法的分步指南。
Summary: RDP3 is a new version of the RDP program for characterizing recombination events in DNA-sequence alignments. Among other novelties, this version includes four new recombination analysis methods (3SEQ, VISRD, PHYLRO and LDHAT), new tests for recombination hot-spots, a range of matrix methods for visualizing over-all patterns of recombination within datasets and recombination-aware ancestral sequence reconstruction. Complementary to a high degree of analysis flow automation, RDP3 also has a highly interactive and detailed graphical user interface that enables more focused hands-on cross-checking of results with a wide variety of newly implemented phylogenetic tree construction and matrix-based recombination signal visualization methods. The new RDP3 can accommodate large datasets and is capable of analyzing alignments ranging in size from 1000×10 kilobase sequences to 20×2 megabase sequences within 48 h on a desktop PC. Availability: RDP3 is available for free from its web site http://darwin.uvigo.es/rdp/rdp.html Contact: darrenpatrickmartin@gmail.com Supplementary information: The RDP3 program manual contains detailed descriptions of the various methods it implements and a step-by-step guide describing how best to use these.
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