PuMA: A papillomavirus genome annotation tool.
PuMA: A papillomavirus genome annotation tool.
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DOI：
10.1093/ve/veaa068
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发表时间：
2020-07
期刊：
影响因子：
5.3
通讯作者：
Van Doorslaer K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pace J;Youens-Clark K;Freeman C;Hurwitz B;Van Doorslaer K
高通量测序技术提供了前所未有的能力来从各种各样的（环境）样品中识别新型病毒。“病毒宏基因组学”领域极大地扩展了我们对病毒多样性的理解。病毒宏基因组学方法意味着许多新的病毒将不会被那些病毒家族（基因组组织）专家的研究人员描述。我们已经开发了乳头瘤病毒注释工具（PuMA），为研究人员提供了一个方便和可重复的方法来注释和报告新的乳头瘤病毒。PuMA目前正确地注释99%的乳头瘤病毒基因时，对655参考基因组的乳头瘤病毒episteme基准。与另一个病毒注释管道相比，PuMA注释了更多的病毒特征，同时更准确。为了证明其普遍适用性，我们还开发了一个可以注释多瘤病毒的PuMA的初步版本。PuMA可在GitHub（https：//github.com/KVD-lab/puma）上获得，也可通过iMicrobe在线环境（https：//www.imicrobe.us/#/apps/puma）获得。
High-throughput sequencing technologies provide unprecedented power to identify novel viruses from a wide variety of (environmental) samples. The field of ‘viral metagenomics’ has dramatically expanded our understanding of viral diversity. Viral metagenomic approaches imply that many novel viruses will not be described by researchers who are experts on (the genomic organization of) that virus family. We have developed the papillomavirus annotation tool (PuMA) to provide researchers with a convenient and reproducible method to annotate and report novel papillomaviruses. PuMA currently correctly annotates 99% of the papillomavirus genes when benchmarked against the 655 reference genomes in the papillomavirus episteme. Compared to another viral annotation pipeline, PuMA annotates more viral features while being more accurate. To demonstrate its general applicability, we also developed a preliminary version of PuMA that can annotate polyomaviruses. PuMA is available on GitHub (https://github.com/KVD-lab/puma) and through the iMicrobe online environment (https://www.imicrobe.us/#/apps/puma).
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
3
作者：
Shean, Ryan C.;Makhsous, Negar;Greninger, Alexander L.
通讯作者：
Greninger, Alexander L.
影响因子：
14.9
作者：
Van Doorslaer K;Tan Q;Xirasagar S;Bandaru S;Gopalan V;Mohamoud Y;Huyen Y;McBride AA
通讯作者：
McBride AA
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
3.7
作者：
Bernard, Hans-Ulrich
通讯作者：
Bernard, Hans-Ulrich