Relationship between gene co-expression and probe localization on microarray slides.
Relationship between gene co-expression and probe localization on microarray slides.
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DOI：
10.1186/1471-2164-4-49
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发表时间：
2003-12-10
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Gerstein M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kluger Y;Yu H;Qian J;Gerstein M
微阵列技术允许在一个实验中同时测量数千个基因。这是一个潜在的有用的工具，用于评估基因的共表达和提取有用的功能和染色体结构信息的基因。在这项工作中，我们研究了基因的共表达，它们在染色体上的位置和它们在微阵列载玻片上的位置之间的关联，通过分析来自S.酿酒酵母C. elegans和D.黑腹菌我们发现，在几个不同的酵母微阵列实验的相关表达谱作为染色体间距的函数的基因对的数量的分布在短的分离达到峰值，并有两个叠加的周期性。较长的周期具有22个基因（~42 Kb）的间隔，而较短的周期是2个基因（~4 Kb）。DNA探针在微阵列载玻片和源板上的相对定位在基因对之间引入了微妙但重要的相关性。仔细考虑这种空间伪影对于微阵列表达数据的分析是重要的。它与最近的微阵列分析特别相关，微阵列分析表明共表达基因沿染色体沿着聚集或沿染色体被固定数量的基因沿着的倍数间隔开。
Microarray technology allows simultaneous measurement of thousands of genes in a single experiment. This is a potentially useful tool for evaluating co-expression of genes and extraction of useful functional and chromosomal structural information about genes. In this work we studied the association between the co-expression of genes, their location on the chromosome and their location on the microarray slides by analyzing a number of eukaryotic expression datasets, derived from the S. cerevisiae, C. elegans, and D. melanogaster. We find that in several different yeast microarray experiments the distribution of the number of gene pairs with correlated expression profiles as a function of chromosomal spacing is peaked at short separations and has two superimposed periodicities. The longer periodicity has a spacing of 22 genes (~42 Kb), and the shorter periodicity is 2 genes (~4 Kb). The relative positioning of DNA probes on microarray slides and source plates introduces subtle but significant correlations between pairs of genes. Careful consideration of this spatial artifact is important for analysis of microarray expression data. It is particularly relevant to recent microarray analyses that suggest that co-expressed genes cluster along chromosomes or are spaced by multiples of a fixed number of genes along the chromosome.
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