VIRsiRNAdb: a curated database of experimentally validated viral siRNA/shRNA.
VIRsiRNAdb: a curated database of experimentally validated viral siRNA/shRNA.
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DOI：
10.1093/nar/gkr1147
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发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kumar M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Thakur N;Qureshi A;Kumar M
在过去的十年中，RNAi 技术已成为抑制病毒的潜在方式。文献中报道了一些专注于人类和哺乳动物基因的 siRNA 数据库，但缺乏经过实验验证的病毒 siRNA 数据库。我们开发了 VIRsiRNAdb，这是一个手动管理的数据库，包含针对病毒基因组区域的 1358 个 siRNA/shRNA 的全面详细信息。此外，只要有可能，还纳入了来自不同测定的超过 300 种 siRNA 的替代功效的信息。数据库中包含的重要字段包括 siRNA 序列、病毒亚型、目标基因组区域、细胞类型、目标对象、实验测定、功效、脱靶以及与参考病毒序列匹配的 siRNA。数据库还为用户提供了高级搜索、浏览、数据提交、链接到外部数据库的设施和有用的 siRNA 分析工具，尤其是 siTarAlign，它将 siRNA 与参考病毒基因组或用户定义的序列进行比对。 VIRsiRNAdb 包含针对 42 种重要人类病毒（包括流感病毒、乙型肝炎病毒、HPV 和 SARS 冠状病毒）的 siRNA/shRNA 的详细信息。 VIRsiRNAdb 将证明对于研究人员挑选最佳病毒 siRNA 进行抗病毒治疗开发以及开发更好的病毒 siRNA 设计工具非常有用。该数据库可从 http://crdd.osdd.net/servers/virsirnadb 免费获取。
RNAi technology has been emerging as a potential modality to inhibit viruses during past decade. In literature a few siRNA databases have been reported that focus on targeting human and mammalian genes but experimentally validated viral siRNA databases are lacking. We have developed VIRsiRNAdb, a manually curated database having comprehensive details of 1358 siRNA/shRNA targeting viral genome regions. Further, wherever available, information regarding alternative efficacies of above 300 siRNAs derived from different assays has also been incorporated. Important fields included in the database are siRNA sequence, virus subtype, target genome region, cell type, target object, experimental assay, efficacy, off-target and siRNA matching with reference viral sequences. Database also provides the users with facilities of advance search, browsing, data submission, linking to external databases and useful siRNA analysis tools especially siTarAlign which align the siRNA with reference viral genomes or user defined sequences. VIRsiRNAdb contains extensive details of siRNA/shRNA targeting 42 important human viruses including influenza virus, hepatitis B virus, HPV and SARS Corona virus. VIRsiRNAdb would prove useful for researchers in picking up the best viral siRNA for antiviral therapeutics development and also for developing better viral siRNA design tools. The database is freely available at http://crdd.osdd.net/servers/virsirnadb.
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影响因子：
46.9
作者：
Jackson, AL;Bartz, SR;Linsley, PS
通讯作者：
Linsley, PS
影响因子：
46.9
作者：
Haasnoot J;Westerhout EM;Berkhout B
通讯作者：
Berkhout B
DOI：
10.2165/11318190-000000000-00000
发表时间：
2009
期刊：
BioDrugs : clinical immunotherapeutics, biopharmaceuticals and gene therapy
影响因子：
--
作者：
López-Fraga M;Martínez T;Jiménez A
通讯作者：
Jiménez A
DOI：
10.1016/j.bbrc.2008.08.169
发表时间：
2008-11-14
影响因子：
3.1
作者：
Jun, Eun Jung;Nam, Young Ran;Lee, Heuiran
通讯作者：
Lee, Heuiran
影响因子：
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作者：
Birmingham, A;Anderson, EM;Khvorova, A
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Khvorova, A