Clade distribution of Candida auris in South Africa using whole genome sequencing of clinical and environmental isolates.
Clade distribution of Candida auris in South Africa using whole genome sequencing of clinical and environmental isolates.
复制标题
DOI：
10.1080/22221751.2021.1944323
复制
发表时间：
2021-12
影响因子：
13.2
通讯作者：
Govender NP for GERMS-SA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Naicker SD;Maphanga TG;Chow NA;Allam M;Kwenda S;Ismail A;Govender NP for GERMS-SA
在南非，耳念珠菌是2016-2017年念珠菌血症的第三大常见原因。我们对115个C. 2009年至2018年期间，从国家实验室监测、四家医院的环境调查和新生儿病房爆发期间的定植研究中收集了耳道分离株。第一个已知的南非C。2009年的auris菌株聚在进化枝IV中。总的来说，98个菌株聚集在进化枝III内（85%），14个在进化枝I内（12%），3个在进化枝IV内（3%）。所有的环境和殖民菌株聚在进化枝III。我们还鉴定了ERG 11和FKS 1基因中已知的分支特异性耐药突变。2016年至2018年期间对进化枝I菌株的鉴定表明，这些菌株是从南亚引进的，随后在当地传播。SNP分析表征了大多数C. auris菌株进入进化枝III，该进化枝首次报道来自南非，但进化枝I和IV菌株的存在也表明早期从其他地区引入。
In South Africa, Candida auris was the third most common cause of candidemia in 2016–2017. We performed single nucleotide polymorphism (SNP) genome-wide analysis of 115 C. auris isolates collected between 2009 and 2018 from national laboratory-based surveillance, an environmental survey at four hospitals and a colonization study during a neonatal unit outbreak. The first known South African C. auris strain from 2009 clustered in clade IV. Overall, 98 strains clustered within clade III (85%), 14 within clade I (12%) and three within clade IV (3%). All environmental and colonizing strains clustered in clade III. We also identified known clade-specific resistance mutations in the ERG11 and FKS1 genes. Identification of clade I strains between 2016 and 2018 suggests introductions from South Asia followed by local transmission. SNP analysis characterized most C. auris strains into clade III, the clade first reported from South Africa, but the presence of clades I and IV strains also suggest early introductions from other regions.
登录
查看更多内容
影响因子：
11.8
作者：
Escandon, Patricia;Chow, Nancy A.;Chiller, Tom M.
通讯作者：
Chiller, Tom M.
影响因子：
6.4
作者：
Arora P;Singh P;Wang Y;Yadav A;Pawar K;Singh A;Padmavati G;Xu J;Chowdhary A
通讯作者：
Chowdhary A
影响因子：
56.3
作者：
Chow, Nancy A.;Gade, Lalitha;Litvintseva, Anastasia P.
通讯作者：
Litvintseva, Anastasia P.
影响因子：
11.8
作者：
Govender NP;Magobo RE;Mpembe R;Mhlanga M;Matlapeng P;Corcoran C;Govind C;Lowman W;Senekal M;Thomas J
通讯作者：
Thomas J
影响因子：
11.8
作者：
van Schalkwyk, Erika;Mpembe, Ruth S.;Shilubane, Amanda
通讯作者：
Shilubane, Amanda