A 2'FY-RNA Motif Defines an Aptamer for Ebolavirus Secreted Protein.
A 2'FY-RNA Motif Defines an Aptamer for Ebolavirus Secreted Protein.
复制标题
DOI：
10.1038/s41598-018-30590-8
复制
发表时间：
2018-08-17
影响因子：
4.6
通讯作者：
Nilsen-Hamilton M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shubham S;Hoinka J;Banerjee S;Swanson E;Dillard JA;Lennemann NJ;Przytycka TM;Maury W;Nilsen-Hamilton M
核酸适配子具有长期储存稳定性和可重复使用等特性，可与许多用于偏远地区的传感/传感平台兼容。具有这些特性的传感器对于快速识别埃博拉病毒疫情非常重要，埃博拉病毒疫情往往始于缺乏尖端设备的地点。可溶性糖蛋白(SGP)是埃博拉病毒的一个很好的生物标志物，它与埃博拉病毒糖蛋白GP1，2产生的基因相同，装饰在病毒颗粒的表面，即使在感染的早期也会大量分泌到血流中。在这里，我们报道了一种2‘氟嘧啶(2’FY)修饰的RNA适配子39SGP1A的选择和性质，它能与SGP特异结合。通过计算和生化分析，我们证明39SGP1A的识别基序是一个新的富含多嘧啶的序列。核糖2‘位上的-F被-OH取代导致与SGP的亲和力完全丧失。适体结合的蛋白质基序需要一个完整的SGP二聚体，并与埃博拉病毒(EBOV)和苏丹病毒(SUDV)SGP之间保守的表位结合，这是埃博拉病毒最具差异性的物种。这表明39SGP1A是集成在传感器平台上以检测埃博拉病毒感染的极佳选择。
With properties such as stability to long-term storage and amenability to repetitive use, nucleic acid aptamers are compatible with many sensing/transducing platforms intended for use in remote locations. Sensors with these properties are important for quickly identifying ebolavirus outbreaks, which frequently start in locations that lack sophisticated equipment. Soluble glycoprotein (sGP), an excellent biomarker for ebolaviruses, is produced from the same gene as the ebolavirus glycoprotein GP1,2 that decorates the surface of the viral particle and is secreted in abundance into the blood stream even during the early stages of infection. Here, we report the selection and properties of a 2′fluoro pyrimidine (2′FY)-modified RNA aptamer, 39SGP1A, that specifically binds sGP. We demonstrate by computational and biochemical analysis that the recognition motif of 39SGP1A is a novel polypyrimidine-rich sequence. Replacement of -F by -OH in the 2′ position of the ribose resulted in complete loss of affinity for sGP. The protein motif to which the aptamer binds requires an intact sGP dimer and binds to an epitope conserved between Ebola virus (EBOV) and Sudan virus (SUDV) sGP, the most divergent Ebolavirus species. This identifies 39SGP1A as an excellent option for integration on a sensor platform to detect ebolavirus infections.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Pallan PS;Greene EM;Jicman PA;Pandey RK;Manoharan M;Rozners E;Egli M
通讯作者：
Egli M
DOI：
10.1073/pnas.93.8.3602
发表时间：
1996-04-16
影响因子：
11.1
作者：
Sanchez, A;Trappier, SG;Nichol, ST
通讯作者：
Nichol, ST
模因套件：用于发现和搜索的工具。
影响因子：
14.9
作者：
Bailey TL;Boden M;Buske FA;Frith M;Grant CE;Clementi L;Ren J;Li WW;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
DOI：
10.1007/978-3-319-05269-4_9
发表时间：
2014
期刊：
Research in computational molecular biology : ... Annual International Conference, RECOMB ... : proceedings. RECOMB (Conference : 2005- )
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1039/c5an01824b
发表时间：
2016-03-07
期刊：
The Analyst
影响因子：
--
作者：
Ilgu M;Nilsen-Hamilton M
通讯作者：
Nilsen-Hamilton M