OrthoDB: the hierarchical catalog of eukaryotic orthologs in 2011.
OrthoDB: the hierarchical catalog of eukaryotic orthologs in 2011.
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DOI：
10.1093/nar/gkq930
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kriventseva EV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Waterhouse RM;Zdobnov EM;Tegenfeldt F;Li J;Kriventseva EV
当一个基因在其他物种中的生物学作用被表征时，同源性的概念推动了对其在任何给定物种中的功能的推测。参照特定的物种辐射，同源关系定义同源物，即来自祖先的单一基因的后代。基因系谱的大规模描绘是一项具有挑战性的任务，解决这一问题的众多方法反映了作为比较研究基石的orthology概念的重要性。在这里，我们提出了更新的真核生物直系同源物的OrthoDB目录，在物种系统发育的每个辐射上以明确的分层方式描绘了100多种脊椎动物，节肢动物和真菌（包括后生动物水平）。新的数据库特性包括功能注释和量化进化分歧和同源群体之间的关系。该界面的特点是扩展的物种概况查询和增强的基于文本的搜索。不断增加的真核生物基因组测序采样带来了对大多数基因谱系的更清晰的描述，这将促进对新测序基因组中基因功能的知情假设。此外，对脊椎动物、节肢动物和真菌等不同谱系的统一分析，其分化水平从数年到数亿年不等，将为揭示和量化基因进化的长期趋势提供必要的数据。OrthoDB可以从http://cegg.unige.ch/orthodb免费访问。
The concept of homology drives speculation on a gene’s function in any given species when its biological roles in other species are characterized. With reference to a specific species radiation homologous relations define orthologs, i.e. descendants from a single gene of the ancestor. The large-scale delineation of gene genealogies is a challenging task, and the numerous approaches to the problem reflect the importance of the concept of orthology as a cornerstone for comparative studies. Here, we present the updated OrthoDB catalog of eukaryotic orthologs delineated at each radiation of the species phylogeny in an explicitly hierarchical manner of over 100 species of vertebrates, arthropods and fungi (including the metazoa level). New database features include functional annotations, and quantification of evolutionary divergence and relations among orthologous groups. The interface features extended phyletic profile querying and enhanced text-based searches. The ever-increasing sampling of sequenced eukaryotic genomes brings a clearer account of the majority of gene genealogies that will facilitate informed hypotheses of gene function in newly sequenced genomes. Furthermore, uniform analysis across lineages as different as vertebrates, arthropods and fungi with divergence levels varying from several to hundreds of millions of years will provide essential data for uncovering and quantifying long-term trends of gene evolution. OrthoDB is freely accessible from http://cegg.unige.ch/orthodb.
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影响因子：
4.3
作者：
Altenhoff, Adrian M.;Dessimoz, Christophe
通讯作者：
Dessimoz, Christophe
Orthodb：真核直系同源物的分层目录。
影响因子：
14.9
作者：
Kriventseva, Evgenia V.;Rahman, Nazim;Espinosa, Octavio;Zdobnov, Evgeny M.
通讯作者：
Zdobnov, Evgeny M.
影响因子：
14.9
作者：
DURET, L;MOUCHIROUD, D;GOUY, M
通讯作者：
GOUY, M
DOI：
10.1073/pnas.1003379107
发表时间：
2010-07-06
影响因子：
11.1
作者：
Kirkness, Ewen F.;Haas, Brian J.;Pittendrigh, Barry R.
通讯作者：
Pittendrigh, Barry R.
影响因子：
2.6
作者：
Legeai F;Shigenobu S;Gauthier JP;Colbourne J;Rispe C;Collin O;Richards S;Wilson AC;Murphy T;Tagu D
通讯作者：
Tagu D