High-temporal-resolution view of transcription and chromatin states across distinct metabolic states in budding yeast.
High-temporal-resolution view of transcription and chromatin states across distinct metabolic states in budding yeast.
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转录和染色质状态的高分辨分辨率视图跨越了萌芽的酵母中不同的代谢状态。
DOI：
10.1038/nsmb.2881
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发表时间：
2014-10
影响因子：
16.8
通讯作者：
Boeke, Jef D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kuang, Zheng;Cai, Ling;Zhang, Xuekui;Ji, Hongkai;Tu, Benjamin P.;Boeke, Jef D.
在连续的葡萄糖限制条件下，出芽酵母表现出与基因表达主要振荡相关的强大代谢周期。这种波动是如何与染色质状态的变化联系在一起的还不是很清楚。在这里，我们以前所未有的时间分辨率检查了酵母代谢周期中相关的全基因组转录和染色质状态，揭示了一个“即时供应链”，通过该供应链，来自特定细胞过程（如核糖体生物发生）的成分以高度协调的方式变得可用。我们确定了与不同基因类别相关的不同染色质和剪接模式，并确定了染色质修饰到最大转录的相对时间。在染色质修饰和表达关系中存在意想不到的变化，组蛋白乙酰化峰在周期内和周期之间相对于RNA表达的时间和“清晰度”不同。与染色质修饰子本身相比，染色质修饰子的占用显示出微妙的不同的空间和时间模式。
Under continuous, glucose-limited conditions, budding yeast exhibit robust metabolic cycles associated with major oscillations of gene expression. How such fluctuations are linked to changes in chromatin status is not well understood. Here we examine the correlated genome-wide transcription and chromatin states across the yeast metabolic cycle at unprecedented temporal resolution, revealing a “just-in-time supply chain” by which components from specific cellular processes such as ribosome biogenesis become available in a highly coordinated manner. We identify distinct chromatin and splicing patterns associated with different gene categories and determine the relative timing of chromatin modifications to maximal transcription. There is unexpected variation in the chromatin modification and expression relationship, with histone acetylation peaks occurring with varying timing and “sharpness” relative to RNA expression both within and between cycle phases. Chromatin modifier occupancy reveals subtly distinct spatial and temporal patterns compared to the modifications themselves.
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影响因子：
4.5
作者：
Bergkessel, Megan;Whitworth, Gregg B.;Guthrie, Christine
通讯作者：
Guthrie, Christine
影响因子：
13.8
作者：
Kaochar S;Tu BP
通讯作者：
Tu BP
影响因子：
10.5
作者：
MEGEE, PC;MORGAN, BA;SMITH, MM
通讯作者：
SMITH, MM
影响因子：
16
作者：
Morillon, A;Karabetsou, N;Mellor, J
通讯作者：
Mellor, J
DOI：
10.1073/pnas.0708365104
发表时间：
2007-10-23
影响因子：
11.1
作者：
Tu, Benjamin P.;Mohler, Rachel E.;McKnight, Steven L.
通讯作者：
McKnight, Steven L.