A spin-1 representation for dual-funnel energy landscapes.
A spin-1 representation for dual-funnel energy landscapes.
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DOI：
10.1063/1.5036677
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发表时间：
2018-07-21
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zwolak M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Elenewski JE;Velizhanin KA;Zwolak M
多肽的左手螺旋折叠和右手螺旋折叠之间的相互转换定义了双漏斗自由能景观。在这种情况下，漏斗极小通过一个连续的未折叠构象连接，唤起经典的螺旋-卷曲转变。物理直觉和最近的研究表明，这种景观可以通过为每个残基分配左手或右手螺旋状态来绘制。我们探索这种可能性，使用全原子副本交换分子动力学和伊辛样模型，表明能源景观建筑是在一个两个国家的图片不一致。一个三态模型-左，右，和非结构化-可以解释手性互变过程中的大多数关键中间体。竞争折叠和激发构象状态仍然对这种方法的范围施加限制。然而，改进是明显的：从两态模型移动到三态模型，沿着从左到右的相互转换路径，拟合误差从1.6 kBT降低到0.3 kBT。
The interconversion between left– and right–handed helical folds of a polypeptide defines a dual–funneled free energy landscape. In this context, the funnel minima are connected through a continuum of unfolded conformations, evocative of the classical helix–coil transition. Physical intuition and recent conjectures suggest that this landscape can be mapped by assigning a left– or right–handed helical state to each residue. We explore this possibility using all–atom replica exchange molecular dynamics and an Ising–like model, demonstrating that the energy landscape architecture is at odds with a two–state picture. A three–state model – left, right, and unstructured – can account for most key intermediates during chiral interconversion. Competing folds and excited conformational states still impose limitations on the scope of this approach. However, the improvement is stark: Moving from a two-state to a three-state model decreases the fit error from 1.6 kBT to 0.3 kBT along the left-to-right interconversion pathway.
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影响因子：
--
作者：
BRYNGELSON, JD;WOLYNES, PG
通讯作者：
WOLYNES, PG
影响因子：
3.4
作者：
Chakrabarti, Dwaipayan;Wales, David J.
通讯作者：
Wales, David J.
影响因子：
5.5
作者：
Best, Robert B.;Zhu, Xiao;Shim, Jihyun;Lopes, Pedro E. M.;Mittal, Jeetain;Feig, Michael;MacKerell, Alexander D., Jr.
通讯作者：
MacKerell, Alexander D., Jr.
影响因子：
3.3
作者：
Chakraborty, Debayan;Wales, David J.
通讯作者：
Wales, David J.
DOI：
10.1073/pnas.84.21.7524
发表时间：
1987-11-01
影响因子：
11.1
作者：
BRYNGELSON, JD;WOLYNES, PG
通讯作者：
WOLYNES, PG