CoV-Spectrum: analysis of globally shared SARS-CoV-2 data to identify and characterize new variants.
CoV-Spectrum: analysis of globally shared SARS-CoV-2 data to identify and characterize new variants.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btab856
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发表时间：
2022-03-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Stadler T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen C;Nadeau S;Yared M;Voinov P;Xie N;Roemer C;Stadler T
CoV-Spectrum网站支持识别值得关注的新的SARS-CoV-2变体并跟踪已知变体。其灵活的氨基酸和核苷酸突变搜索允许查询变异之前，他们被指定谱系命名系统。该平台汇集了来自不同来源的SARS-CoV-2数据并进行了分析。结果包括不同变异随时间的比例，其人口统计学和地理分布，常见突变，住院和死亡概率，传播适应度优势估计以及从废水样本中获得的见解。CoV-Spectrum可在https://cov-spectrum.org获得。该代码在GPL-3.0许可下发布在https://github.com/cevo-public/cov-spectrum-website。
The CoV-Spectrum website supports the identification of new SARS-CoV-2 variants of concern and the tracking of known variants. Its flexible amino acid and nucleotide mutation search allows querying of variants before they are designated by a lineage nomenclature system. The platform brings together SARS-CoV-2 data from different sources and applies analyses. Results include the proportion of different variants over time, their demographic and geographic distributions, common mutations, hospitalization and mortality probabilities, estimates for transmission fitness advantage and insights obtained from wastewater samples. CoV-Spectrum is available at https://cov-spectrum.org. The code is released under the GPL-3.0 license at https://github.com/cevo-public/cov-spectrum-website.
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SARS-COV-2血统的估计可传播和影响B.1.1.7在英国。
DOI：
10.1126/science.abg3055
发表时间：
2021-04-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Davies NG;Abbott S;Barnard RC;Jarvis CI;Kucharski AJ;Munday JD;Pearson CAB;Russell TW;Tully DC;Washburne AD;Wenseleers T;Gimma A;Waites W;Wong KLM;van Zandvoort K;Silverman JD;CMMID COVID-19 Working Group;COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium;Diaz-Ordaz K;Keogh R;Eggo RM;Funk S;Jit M;Atkins KE;Edmunds WJ
通讯作者：
Edmunds WJ
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
30.8
作者：
Turakhia, Yatish;Thornlow, Bryan;Hinrichs, Angie S.;De Maio, Nicola;Gozashti, Landen;Lanfear, Robert;Haussler, David;Corbett-Detig, Russell
通讯作者：
Corbett-Detig, Russell
DOI：
10.1136/bmj.n579
发表时间：
2021-03-09
期刊：
BMJ (Clinical research ed.)
影响因子：
--
作者：
Challen R;Brooks-Pollock E;Read JM;Dyson L;Tsaneva-Atanasova K;Danon L
通讯作者：
Danon L
影响因子：
64.8
作者：
Hodcroft, Emma B.;Zuber, Moira;Neher, Richard A.
通讯作者：
Neher, Richard A.