Comprehensive Cross-Linking Mass Spectrometry Reveals Parallel Orientation and Flexible Conformations of Plant HOP2-MND1.
Comprehensive Cross-Linking Mass Spectrometry Reveals Parallel Orientation and Flexible Conformations of Plant HOP2-MND1.
复制标题
DOI：
10.1021/acs.jproteome.5b00903
复制
发表时间：
2015-12-04
影响因子：
4.4
通讯作者：
Mechtler K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rampler E;Stranzl T;Orban-Nemeth Z;Hollenstein DM;Hudecz O;Schlögelhofer P;Mechtler K
HOP 2 − MND 1异二聚体是植物和其他真核生物减数分裂同源重组所必需的，并促进DNA双链断裂的修复。我们研究了HOP 2 − MND 1的构象灵活性，这对于理解异二聚体的机制细节很重要，化学交联结合质谱（XL−MS）。最终的XL-MS工作流程包括在数据评估之前使用互补交联剂、淬灭、消化、尺寸排阻富集和基于HCD的LC-MS/MS检测。我们应用了两种不同的同双功能胺反应性交联剂（DSS和BS 2G）和一种零长度异双功能交联剂（EDC）。在通过蛋白质穿线和蛋白质-蛋白质对接进行3D结构预测之前，分析四个生物重复的交联肽，用于交联引导的分子建模。尺寸排阻富集步骤的小型化减少了所需的起始材料，导致大量的交联肽，并允许重复分析。HOP 2 − MND 1的主要相互作用位点在中心卷曲螺旋结构域中被确定，并且预测HOP 2和MND 1在复合物内的开放共线平行排列。此外，观察到两个复杂的合作伙伴的C-末端封端螺旋的灵活性，这表明在溶液中共存的一个封闭的复杂构象。
The HOP2−MND1 heterodimer is essential for meiotic homologous recombination in plants and other eukaryotes and promotes the repair of DNA double-strand breaks. We investigated the conformational flexibility of HOP2−MND1, important for understanding the mechanistic details of the heterodimer, with chemical cross-linking in combination with mass spectrometry (XL−MS). The final XL−MS workflow encompassed the use of complementary cross-linkers, quenching, digestion, size exclusion enrichment, and HCD-based LC–MS/MS detection prior to data evaluation. We applied two different homobifunctional amine-reactive cross-linkers (DSS and BS2G) and one zero-length heterobifunctional cross-linker (EDC). Cross-linked peptides of four biological replicates were analyzed prior to 3D structure prediction by protein threading and protein–protein docking for cross-link-guided molecular modeling. Miniaturization of the size-exclusion enrichment step reduced the required starting material, led to a high amount of cross-linked peptides, and allowed the analysis of replicates. The major interaction site of HOP2−MND1 was identified in the central coiled-coil domains, and an open colinear parallel arrangement of HOP2 and MND1 within the complex was predicted. Moreover, flexibility of the C-terminal capping helices of both complex partners was observed, suggesting the coexistence of a closed complex conformation in solution.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.6
作者：
Doberenz, Claudia;Zorn, Michael;Sawers, R. Gary
通讯作者：
Sawers, R. Gary
影响因子：
4
作者：
Kerzendorfer, Claudia;Vignard, Julien;Schloegelhofer, Peter
通讯作者：
Schloegelhofer, Peter
影响因子：
4.8
作者：
Enomoto, R;Kinebuchi, T;Yokoyama, S
通讯作者：
Yokoyama, S
影响因子：
3.7
作者：
Kahraman A;Herzog F;Leitner A;Rosenberger G;Aebersold R;Malmström L
通讯作者：
Malmström L
DOI：
10.1111/j.1365-313x.2011.04848.x
发表时间：
2012-03
期刊：
The Plant journal : for cell and molecular biology
影响因子：
--
作者：
Engelsberger WR;Schulze WX
通讯作者：
Schulze WX