APID: Agile Protein Interaction DataAnalyzer.
APID: Agile Protein Interaction DataAnalyzer.
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DOI：
10.1093/nar/gkl128
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
De Las Rivas J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Prieto C;De Las Rivas J
Agile Protein Interaction DataAnalyzer （APID）是一种交互式生物信息学网络工具，用于在统一的比较平台上集成和分析目前已知的主要蛋白质相互作用信息，这些信息是通过特定的小规模或大规模实验方法证明的。目前，该应用程序包括来自五个主要源数据库的信息，其中包含一个统一的服务器，用于探索35000种不同的蛋白质和111000种不同的已证实的相互作用。网络包括查询和浏览数据的搜索工具，允许选择基于计算参数的相互作用对，这些参数对每个给定蛋白质相互作用的权重和可靠性进行限定。这些参数用于“蛋白质”：连通性，聚类系数，基因本体（GO）功能环境，GO环境富集；对于“交互”：方法数量，GO重叠，iPfam域-域交互。APID还包括一个图形交互工具，用于可视化选定的子网，并在它们上或沿着整个交互网络进行导航。该应用程序可在。
Agile Protein Interaction DataAnalyzer (APID) is an interactive bioinformatics web tool developed to integrate and analyze in a unified and comparative platform main currently known information about protein–protein interactions demonstrated by specific small-scale or large-scale experimental methods. At present, the application includes information coming from five main source databases enclosing an unified sever to explore >35 000 different proteins and 111 000 different proven interactions. The web includes search tools to query and browse upon the data, allowing selection of the interaction pairs based in calculated parameters that weight and qualify the reliability of each given protein interaction. Such parameters are for the ‘proteins’: connectivity, cluster coefficient, Gene Ontology (GO) functional environment, GO environment enrichment; and for the ‘interactions’: number of methods, GO overlapping, iPfam domain–domain interaction. APID also includes a graphic interactive tool to visualize selected sub-networks and to navigate on them or along the whole interaction network. The application is available open access at .
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通讯作者：
Hogue CW