STRING 8--a global view on proteins and their functional interactions in 630 organisms.
STRING 8--a global view on proteins and their functional interactions in 630 organisms.
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DOI：
10.1093/nar/gkn760
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
von Mering C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jensen LJ;Kuhn M;Stark M;Chaffron S;Creevey C;Muller J;Doerks T;Julien P;Roth A;Simonovic M;Bork P;von Mering C
蛋白质之间的功能伙伴关系是复杂细胞表型的核心，相互作用的蛋白质形成的网络为研究人员提供了建模，数据简化和注释的关键支架。STRING是一个致力于蛋白质-蛋白质相互作用的数据库和网络资源，包括物理和功能相互作用。它对来自众多来源的信息进行加权和整合，包括实验知识库、计算预测方法和公共文本集，从而充当一个元数据库，将所有相互作用证据映射到一组共同的基因组和蛋白质上。与之前的版本相比，STRING 8最重要的新发展包括基于URL的编程接口，可用于从其他资源查询STRING，通过原核生物中的基因组邻域改进相互作用预测，以及包含蛋白质结构。STRING 8.0版本涵盖了来自630种生物的约250万种蛋白质，提供了目前可用的蛋白质-蛋白质相互作用的最全面视图。可以在http://string-db.org/上找到STRING。
Functional partnerships between proteins are at the core of complex cellular phenotypes, and the networks formed by interacting proteins provide researchers with crucial scaffolds for modeling, data reduction and annotation. STRING is a database and web resource dedicated to protein–protein interactions, including both physical and functional interactions. It weights and integrates information from numerous sources, including experimental repositories, computational prediction methods and public text collections, thus acting as a meta-database that maps all interaction evidence onto a common set of genomes and proteins. The most important new developments in STRING 8 over previous releases include a URL-based programming interface, which can be used to query STRING from other resources, improved interaction prediction via genomic neighborhood in prokaryotes, and the inclusion of protein structures. Version 8.0 of STRING covers about 2.5 million proteins from 630 organisms, providing the most comprehensive view on protein–protein interactions currently available. STRING can be reached at http://string-db.org/.
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