The IGS Standard Operating Procedure for Automated Prokaryotic Annotation.
The IGS Standard Operating Procedure for Automated Prokaryotic Annotation.
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DOI：
10.4056/sigs.1223234
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发表时间：
2011-04-29
影响因子：
--
通讯作者：
Giglio MG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Galens K;Orvis J;Daugherty S;Creasy HH;Angiuoli S;White O;Wortman J;Mahurkar A;Giglio MG
基因组科学研究所（IGS）开发了一种原核生物注释管道，用于细菌和古细菌的基因/RNA编码预测和功能注释。全自动流水线接受一个或多个基因组序列作为输入，并以各种标准格式产生输出。功能标注主要基于相似性搜索和基序查找，并结合了基于分层规则的标注系统。还可以将输出注释加载到关系数据库中，并通过可视化工具进行访问。
The Institute for Genome Sciences (IGS) has developed a prokaryotic annotation pipeline that is used for coding gene/RNA prediction and functional annotation of Bacteria and Archaea. The fully automated pipeline accepts one or many genomic sequences as input and produces output in a variety of standard formats. Functional annotation is primarily based on similarity searches and motif finding combined with a hierarchical rule based annotation system. The output annotations can also be loaded into a relational database and accessed through visualization tools.
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影响因子：
14.9
作者：
Lagesen K;Hallin P;Rødland EA;Staerfeldt HH;Rognes T;Ussery DW
通讯作者：
Ussery DW
影响因子：
14.9
作者：
Delcher, AL;Harmon, D;Salzberg, SL
通讯作者：
Salzberg, SL
影响因子：
14.9
作者：
Claudel-Renard, C;Chevalet, C;Kahn, D
通讯作者：
Kahn, D
COG数据库：更新版本包括真核生物。
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3
作者：
Tatusov, RL;Fedorova, ND;Jackson, JD;Jacobs, AR;Kiryutin, B;Koonin, EV;Krylov, DM;Mazumder, R;Mekhedov, SL;Nikolskaya, AN;Rao, BS;Smirnov, S;Sverdlov, AV;Vasudevan, S;Wolf, YI;Yin, JJ;Natale, DA
通讯作者：
Natale, DA
影响因子：
5.8
作者：
Suzek, Baris E.;Huang, Hongzhan;Wu, Cathy H.
通讯作者：
Wu, Cathy H.